Webina: an open-source library and web app that runs AutoDock Vina entirely in the web browser.
Webina: an open-source library and web app that runs AutoDock Vina entirely in the web browser.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btaa579
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发表时间：
2020-08-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Durrant JD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kochnev Y;Hellemann E;Cassidy KC;Durrant JD
分子对接是一种计算技术，用于预测小分子如何结合大分子靶标。在对接程序中，AutoDock维纳特别受欢迎。像许多对接程序一样，维纳要求用户下载/安装一个可执行文件，并从命令行界面运行该文件。选择适当的配置参数和分析维纳输出有时也具有挑战性。这些问题对于学生和新手研究人员来说尤其成问题。我们创建了Webina，一个新版本的维纳，以应对这些挑战。Webina完全在Web浏览器中运行维纳，因此用户只需访问支持Webina的网页。对接计算发生在用户自己的计算机上，而不是远程服务器上。开源Webina应用程序的工作版本可以从http://durrantlab.com/webina免费访问。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
Molecular docking is a computational technique for predicting how a small molecule might bind a macromolecular target. Among docking programs, AutoDock Vina is particularly popular. Like many docking programs, Vina requires users to download/install an executable file and to run that file from a command-line interface. Choosing proper configuration parameters and analyzing Vina output is also sometimes challenging. These issues are particularly problematic for students and novice researchers. We created Webina, a new version of Vina, to address these challenges. Webina runs Vina entirely in a web browser, so users need only visit a Webina-enabled webpage. The docking calculations take place on the user’s own computer rather than a remote server. A working version of the open-source Webina app can be accessed free of charge from http://durrantlab.com/webina. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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