AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading.
AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading.
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DOI：
10.1002/jcc.21334
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发表时间：
2010-01-30
影响因子：
3
通讯作者：
Olson, Arthur J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Trott, Oleg;Olson, Arthur J.
关键词：
AutoDock维纳是一个新的分子对接和虚拟筛选程序。AutoDock维纳实现了约两个数量级的速度相比，在我们的实验室以前开发的分子对接软件（AutoDock 4），同时也显着提高了结合模式预测的准确性，通过我们的测试在AutoDock 4开发中使用的训练集判断。通过在多核机器上使用多线程，可以从并行性中进一步提高速度。AutoDock维纳自动计算网格图并以对用户透明的方式将结果聚类。
AutoDock Vina, a new program for molecular docking and virtual screening, is presented. AutoDock Vina achieves an approximately two orders of magnitude speed-up compared to the molecular docking software previously developed in our lab (AutoDock 4), while also significantly improving the accuracy of the binding mode predictions, judging by our tests on the training set used in AutoDock 4 development. Further speed-up is achieved from parallelism, by using multithreading on multi-core machines. AutoDock Vina automatically calculates the grid maps and clusters the results in a way transparent to the user.
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影响因子：
5.6
作者：
Chang, Max W.;Lindstrom, William;Belew, Richard K.
通讯作者：
Belew, Richard K.
影响因子：
3.5
作者：
Wang, RX;Lai, LH;Wang, SM
通讯作者：
Wang, SM
影响因子：
3
作者：
Morris, Garrett M.;Huey, Ruth;Lindstrom, William;Sanner, Michel F.;Belew, Richard K.;Goodsell, David S.;Olson, Arthur J.
通讯作者：
Olson, Arthur J.
影响因子：
7.3
作者：
Wang, RX;Fang, XL;Wang, SM
通讯作者：
Wang, SM
DOI：
10.1023/b:jcam.0000017496.76572.6f
发表时间：
2003-11-01
影响因子：
3.5
作者：
Bursulaya, BD;Totrov, M;Brooks, CL
通讯作者：
Brooks, CL