SBSPKSv2: structure-based sequence analysis of polyketide synthases and non-ribosomal peptide synthetases.
SBSPKSv2: structure-based sequence analysis of polyketide synthases and non-ribosomal peptide synthetases.
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SBSPKSV2：基于结构的聚酮合成酶和非核糖体肽合酶的序列分析。
DOI：
10.1093/nar/gkx344
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发表时间：
2017-07-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Mohanty D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Khater S;Gupta M;Agrawal P;Sain N;Prava J;Gupta P;Grover M;Kumar N;Mohanty D
基因组引导的天然产物发现是一种很有前途的鉴定新活性化合物的方法。SBSPKS网络服务器已成为分析聚酮合成酶（PKS）和非核糖体肽合成酶（NRPS）基因簇的宝贵资源。我们已经开发了一个更新的版本-SBSPKSv 2，它是基于对311个实验表征的PKS/NRPS基因簇的序列，结构和次级代谢产物化学结构数据的综合分析，这些基因簇具有已知的生物合成产物。SBSPKSv 2的一个全新功能是包含在化学空间中搜索的功能。它允许用户将给定次级代谢产物的化学结构与生物合成中间体和最终产物的化学结构进行比较。对于催化结构域的识别，SBSPKS现在使用基于轮廓的搜索，其计算速度更快并且具有高灵敏度。还为许多新的结构域添加了HMM谱，并且基序信息已用于区分NRPS的缩合（C）、差向异构化（E）和环化（Cy）结构域。总之，新的和更新的SBSPKSv 2是一个通用的工具，用于基因组挖掘和分析化学空间中的聚酮化合物和非核糖体肽生物合成途径。该服务器位于：http://www.nii.ac.in/sbspks2.html。
Genome guided discovery of novel natural products has been a promising approach for identification of new bioactive compounds. SBSPKS web-server has been a valuable resource for analysis of polyketide synthase (PKS) and non-ribosomal peptide synthetase (NRPS) gene clusters. We have developed an updated version - SBSPKSv2 which is based on comprehensive analysis of sequence, structure and secondary metabolite chemical structure data from 311 experimentally characterized PKS/NRPS gene clusters with known biosynthetic products. A completely new feature of SBSPKSv2 is the inclusion of features for search in chemical space. It allows the user to compare the chemical structure of a given secondary metabolite to the chemical structures of biosynthetic intermediates and final products. For identification of catalytic domains, SBSPKS now uses profile based searches, which are computationally faster and have high sensitivity. HMM profiles have also been added for a number of new domains and motif information has been used for distinguishing condensation (C), epimerization (E) and cyclization (Cy) domains of NRPS. In summary, the new and updated SBSPKSv2 is a versatile tool for genome mining and analysis of polyketide and non-ribosomal peptide biosynthetic pathways in chemical space. The server is available at: http://www.nii.ac.in/sbspks2.html.
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