BamView: viewing mapped read alignment data in the context of the reference sequence.
BamView: viewing mapped read alignment data in the context of the reference sequence.
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BAMVIEW：在参考序列的上下文中查看映射的读取对齐数据。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq010
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发表时间：
2010-03-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Berriman, Matthew
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Carver, Tim;Bohme, Ulrike;Otto, Thomas D.;Parkhill, Julian;Berriman, Matthew
摘要：BamView是一个交互式的Java应用程序，用于可视化针对参考基因组序列比对的序列读取所存储的大量数据。它支持BAM（二进制比对/映射）格式。它可用于多种情况，包括单核苷酸多态性（SNP）检测和结构注释。BamView也已集成到Artemis中，以便可以在核苷酸序列和基因组特征的背景下查看读取结果。
可用性：BamView和Artemis可在以下网址（针对Mac OSX、UNIX和Windows系统）免费下载（遵循GPL许可）：http://bamview.sourceforge.net/
联系方式：artemis@sanger.ac.uk
Summary: BamView is an interactive Java application for visualizing the large amounts of data stored for sequence reads which are aligned against a reference genome sequence. It supports the BAM (Binary Alignment/Map) format. It can be used in a number of contexts including SNP calling and structural annotation. BamView has also been integrated into Artemis so that the reads can be viewed in the context of the nucleotide sequence and genomic features. Availability: BamView and Artemis are freely available (under a GPL licence) for download (for MacOSX, UNIX and Windows) at: http://bamview.sourceforge.net/ Contact: artemis@sanger.ac.uk
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp412
发表时间：
2009-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Long Q;MacArthur D;Ning Z;Tyler-Smith C
通讯作者：
Tyler-Smith C
影响因子：
7
作者：
Li, Heng;Ruan, Jue;Durbin, Richard
通讯作者：
Durbin, Richard
影响因子：
7
作者：
Ning, ZM;Cox, AJ;Mullikin, JC
通讯作者：
Mullikin, JC
DOI：
10.1093/bioinformatics/btn529
发表时间：
2008-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Carver T;Berriman M;Tivey A;Patel C;Böhme U;Barrell BG;Parkhill J;Rajandream MA
通讯作者：
Rajandream MA
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp324
发表时间：
2009-07-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Li H;Durbin R
通讯作者：
Durbin R