HI: haplotype improver using paired-end short reads.
HI: haplotype improver using paired-end short reads.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp412
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发表时间：
2009-09-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tyler-Smith C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Long Q;MacArthur D;Ning Z;Tyler-Smith C
摘要：我们提出了一个通过整合双端测序读长信息来改进单倍型重建的程序，并在模拟数据上展示了其效用。我们发现，在给定固定覆盖度的情况下，较长的读长（意味着读长数量较少）更可取。
可用性：可执行文件和用户手册可从ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/zn1/HI免费下载。
联系方式：ql2@sanger.ac.uk
Summary: We present a program to improve haplotype reconstruction by incorporating information from paired-end reads, and demonstrate its utility on simulated data. We find that given a fixed coverage, longer reads (implying fewer of them) are preferable. Availability: The executable and user manual can be freely downloaded from ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/zn1/HI. Contact: ql2@sanger.ac.uk
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