Assessing the gene space in draft genomes.
Assessing the gene space in draft genomes.
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DOI：
10.1093/nar/gkn916
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Korf I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Parra G;Bradnam K;Ning Z;Keane T;Korf I
已经为广泛的真核生物启动了基因组测序项目。有几个项目已经完成，但大多数项目是以草案汇编的形式存在的。由于基因组测序的主要原因之一是获得其基因目录，因此一个重要的问题是未完成的基因组中的目录是否完整或可完备性。为了回答这个问题，我们已经确定了一组核心真核基因(CEG)，这些基因高度保守，我们认为它们在高等真核生物中以低拷贝数存在。从对一组不同的真核生物基因组组合的系统发育分析中，我们发现在草案基因组中定位的CEGS的比例为描述基因空间提供了一个有用的度量，并补充了常用的N50长度和x倍覆盖值。
Genome sequencing projects have been initiated for a wide range of eukaryotes. A few projects have reached completion, but most exist as draft assemblies. As one of the main reasons to sequence a genome is to obtain its catalog of genes, an important question is how complete or completable the catalog is in unfinished genomes. To answer this question, we have identified a set of core eukaryotic genes (CEGs), that are extremely highly conserved and which we believe are present in low copy numbers in higher eukaryotes. From an analysis of a phylogenetically diverse set of eukaryotic genome assemblies, we found that the proportion of CEGs mapped in draft genomes provides a useful metric for describing the gene space, and complements the commonly used N50 length and x-fold coverage values.
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