MLTreeMap--accurate Maximum Likelihood placement of environmental DNA sequences into taxonomic and functional reference phylogenies.
MLTreeMap--accurate Maximum Likelihood placement of environmental DNA sequences into taxonomic and functional reference phylogenies.
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mltreemap-可准确地将环境DNA序列放置在分类学和功能参考系统发育中。
DOI：
10.1186/1471-2164-11-461
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发表时间：
2010-08-05
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
von Mering C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stark M;Berger SA;Stamatakis A;von Mering C
环境DNA的鸟枪测序是原位表征未培养微生物的基本技术。然而，获得的序列片段的分类和功能分配仍然是一个紧迫的问题。现有的算法在很大程度上优化了速度和覆盖范围;相比之下，我们在这里提出了一个软件框架，专注于一组有限的信息基因家族，使用最大似然比来分配这些最好的准确性。该框架（“MLTreeMap”; http：//mltreemap.org/）使用原始核苷酸序列作为输入，并包括手工策划的可扩展参考信息。我们讨论了如何使用完整的基因组以及模拟和实际的环境序列来验证我们的管道。
Shotgun sequencing of environmental DNA is an essential technique for characterizing uncultivated microbes in situ. However, the taxonomic and functional assignment of the obtained sequence fragments remains a pressing problem. Existing algorithms are largely optimized for speed and coverage; in contrast, we present here a software framework that focuses on a restricted set of informative gene families, using Maximum Likelihood to assign these with the best possible accuracy. This framework ('MLTreeMap'; http://mltreemap.org/) uses raw nucleotide sequences as input, and includes hand-curated, extensible reference information. We discuss how we validated our pipeline using complete genomes as well as simulated and actual environmental sequences.
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