Complete genome sequence of transmissible gastroenteritis coronavirus PUR46-MAD clone and evolution of the purdue virus cluster.
Complete genome sequence of transmissible gastroenteritis coronavirus PUR46-MAD clone and evolution of the purdue virus cluster.
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DOI：
10.1023/a:1011147832586
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发表时间：
2001
期刊：
影响因子：
1.6
通讯作者：
Enjuanes L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Penzes Z;Gonzalez JM;Calvo E;Izeta A;Smerdou C;Méndez A;Sanchez CM;Sola I;Almazan F;Enjuanes L
已测定了传染性胃肠炎冠状病毒普渡聚集区PUR46-MAD克隆的全序列(28580 nT)，并与该聚集区成员和其他冠状病毒进行了比较。通过计算它们的S基因序列之间的距离，这些冠状病毒被分成四个簇，其中一个簇完全由普渡病毒组成。已鉴定出三个新的潜在序列基序，它们与牛瘟病毒聚合酶相关核衣壳蛋白α亚基、Bowman-Birk型蛋白酶抑制剂和富含半胱氨酸的金属硫蛋白超家族具有同源性。TGEV聚合酶序列与其他RNA病毒的序列比较显示，与核酸聚合酶棕榈亚区的A-E结构域有很高的同源性。
The complete sequence (28580 nt) of the PUR46-MAD clone of the Purdue cluster of transmissible gastroenteritis coronavirus (TGEV) has been determined and compared with members of this cluster and other coronaviruses. The computing distances among their S gene sequences resulted in the grouping of these coronaviruses into four clusters, one of them exclusively formed by the Purdue viruses. Three new potential sequence motifs with homology to the α-subunit of the polymerase-associated nucleocapsid phosphoprotein of rinderpest virus, the Bowman–Birk type of proteinase inhibitors, and the metallothionein superfamily of cysteine rich chelating proteins have been identified. Comparison of the TGEV polymerase sequence with that of other RNA viruses revealed high sequence homology with the A–E domains of the palm subdomain of nucleic acid polymerases.
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