SCOPE: a web server for practical de novo motif discovery.
SCOPE: a web server for practical de novo motif discovery.
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DOI：
10.1093/nar/gkm310
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发表时间：
2007-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gross RH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Carlson JM;Chakravarty A;DeZiel CE;Gross RH
SCOPE 是一种新颖的无参数方法，用于从头识别协调调控基因组中的潜在调控基序。 SCOPE 算法结合了三个组件算法的输出，每个算法都旨在识别特定类别的图案。 SCOPE 使用集成学习方法从其组件算法中识别出最佳候选主题。在对实验确定的数据集进行测试时，SCOPE 识别模体的准确度明显高于使用默认参数运行的许多其他基于网络的模体查找器。由于 SCOPE 没有可调整的参数，因此网络服务器具有直观的界面，仅需要一组基因名称或 FASTA 序列以及物种选择。 SCOPE 发现的最重要的主题以图形方式显示在主结果页面上，并带有一个包含每个主题的摘要统计数据的表格。单击主题即可查看详细的主题信息，包括序列徽标、PWM、共有序列和特定匹配位点。 SCOPE 高效、无参数的搜索策略使得网络服务器的开发成为可能，该服务器可供执业生物学家轻松访问，同时提供与其他基序查找器相媲美的结果。 SCOPE Web 服务器位于 <http://genie.dartmouth.edu/scope>。
SCOPE is a novel parameter-free method for the de novo identification of potential regulatory motifs in sets of coordinately regulated genes. The SCOPE algorithm combines the output of three component algorithms, each designed to identify a particular class of motifs. Using an ensemble learning approach, SCOPE identifies the best candidate motifs from its component algorithms. In tests on experimentally determined datasets, SCOPE identified motifs with a significantly higher level of accuracy than a number of other web-based motif finders run with their default parameters. Because SCOPE has no adjustable parameters, the web server has an intuitive interface, requiring only a set of gene names or FASTA sequences and a choice of species. The most significant motifs found by SCOPE are displayed graphically on the main results page with a table containing summary statistics for each motif. Detailed motif information, including the sequence logo, PWM, consensus sequence and specific matching sites can be viewed through a single click on a motif. SCOPE's efficient, parameter-free search strategy has enabled the development of a web server that is readily accessible to the practising biologist while providing results that compare favorably with those of other motif finders. The SCOPE web server is at <http://genie.dartmouth.edu/scope>.
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