Juicer Provides a One-Click System for Analyzing Loop-Resolution Hi-C Experiments.
Juicer Provides a One-Click System for Analyzing Loop-Resolution Hi-C Experiments.
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DOI：
10.1016/j.cels.2016.07.002
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发表时间：
2016-07
期刊：
影响因子：
9.3
通讯作者：
Aiden EL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Durand NC;Shamim MS;Machol I;Rao SS;Huntley MH;Lander ES;Aiden EL
Hi-C实验探索基因组的三维结构，生成数据的序列以创建高分辨率的接触图。在这里，我们介绍Juicer，一个用于分析TB级Hi-C数据集的开源工具。Juicer允许没有计算背景的用户一键将原始序列数据转换为标准化的接触图。Juicer生成一个hic文件，其中包含许多分辨率的压缩接触矩阵，便于多尺度的可视化和分析。结构特征（如循环和域）将自动注释。Juicer作为开源软件可在http://aidenlab.org/juicer/上获得
Hi-C experiments explore the three-dimensional structure of the genome, generating terabases of data to create high resolution contact maps. Here, we introduce Juicer, an open-source tool for analyzing terabase-scale Hi-C datasets. Juicer allows users without a computational background to transform raw sequence data into normalized contact maps with one click. Juicer produces a hic file containing compressed contact matrices at many resolutions, facilitating visualization and analysis at multiple scales. Structural features, such as loops and domains, are automatically annotated. Juicer is available as open source software at http://aidenlab.org/juicer/
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
3
作者：
Schmid, Marc W.;Grob, Stefan;Grossniklaus, Ueli
通讯作者：
Grossniklaus, Ueli
影响因子：
12.3
作者：
Servant N;Varoquaux N;Lajoie BR;Viara E;Chen CJ;Vert JP;Heard E;Dekker J;Barillot E
通讯作者：
Barillot E
影响因子：
64.5
作者：
Rao SS;Huntley MH;Durand NC;Stamenova EK;Bochkov ID;Robinson JT;Sanborn AL;Machol I;Omer AD;Lander ES;Aiden EL
通讯作者：
Aiden EL
影响因子：
2.1
作者：
Knight, Philip A.;Ruiz, Daniel
通讯作者：
Ruiz, Daniel