Punctuated evolution of canonical genomic aberrations in uveal melanoma.
Punctuated evolution of canonical genomic aberrations in uveal melanoma.
复制标题
DOI：
10.1038/s41467-017-02428-w
复制
发表时间：
2018-01-09
影响因子：
16.6
通讯作者：
Harbour JW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Field MG;Durante MA;Anbunathan H;Cai LZ;Decatur CL;Bowcock AM;Kurtenbach S;Harbour JW
癌症被认为是通过在达尔文选择下进化的基因组畸变的积累而产生的。然而，目前尚不清楚与转移相关的畸变何时出现在肿瘤演变过程中。葡萄膜黑色素瘤（UM）是最常见的原发性眼癌，经常导致转移性死亡，这与BAP 1突变密切相关。因此，UM非常适合研究转移能力的克隆进化。在这里，我们使用定制的生物信息学管道分析了来自151个主要UM样本的测序数据，以提高BAP1突变的检测并推断基因组畸变之间的克隆关系。引人注目的是，我们发现BAP1突变和其他典型的基因组畸变通常出现在早期间断爆发，随后是中性进化延伸到临床检测的时间。这意味着UM的转移倾向在肿瘤演变的早期是“固定的”，并可以解释为什么初级治疗的进展没有改善生存率。葡萄膜黑色素瘤（UM）是最常见的原发性眼癌，与肿瘤抑制因子BAP 1的突变密切相关。在这里，作者分析了151个原发性UM样本，发现BAP 1和其他典型的基因组畸变出现在早期间断爆发，随后是中性肿瘤演变。
Cancer is thought to arise through the accumulation of genomic aberrations evolving under Darwinian selection. However, it remains unclear when the aberrations associated with metastasis emerge during tumor evolution. Uveal melanoma (UM) is the most common primary eye cancer and frequently leads to metastatic death, which is strongly linked to BAP1 mutations. Accordingly, UM is ideally suited for studying the clonal evolution of metastatic competence. Here we analyze sequencing data from 151 primary UM samples using a customized bioinformatic pipeline, to improve detection of BAP1 mutations and infer the clonal relationships among genomic aberrations. Strikingly, we find BAP1 mutations and other canonical genomic aberrations usually arise in an early punctuated burst, followed by neutral evolution extending to the time of clinical detection. This implies that the metastatic proclivity of UM is “set in stone” early in tumor evolution and may explain why advances in primary treatment have not improved survival. Uveal melanoma (UM), the most common primary eye cancer, is strongly linked to mutations in the tumor suppressor BAP1. Here, the authors analyze 151 primary UM samples to find that BAP1 and other canonical genomic aberrations arise in an early punctuated burst followed by neutral tumor evolution.
登录
查看更多内容
影响因子：
5.8
作者：
Gu, Zuguang;Eils, Roland;Schlesner, Matthias
通讯作者：
Schlesner, Matthias
影响因子：
13.7
作者：
Harbour, J. William;Chao, Daniel L.
通讯作者：
Chao, Daniel L.
DOI：
10.1126/science.1194472
发表时间：
2010-12-03
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Harbour JW;Onken MD;Roberson ED;Duan S;Cao L;Worley LA;Council ML;Matatall KA;Helms C;Bowcock AM
通讯作者：
Bowcock AM
影响因子：
8.1
作者：
Decatur CL;Ong E;Garg N;Anbunathan H;Bowcock AM;Field MG;Harbour JW
通讯作者：
Harbour JW
影响因子：
30.8
作者：
Harbour, J. William;Roberson, Elisha D. O.;Anbunathan, Hima;Onken, Michael D.;Worley, Lori A.;Bowcock, Anne M.
通讯作者：
Bowcock, Anne M.