Pitfalls of mapping high-throughput sequencing data to repetitive sequences: Piwi's genomic targets still not identified.
Pitfalls of mapping high-throughput sequencing data to repetitive sequences: Piwi's genomic targets still not identified.
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DOI：
10.1016/j.devcel.2015.01.013
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发表时间：
2015-03-23
影响因子：
11.8
通讯作者：
Toth, Katalin Fejes
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Marinov, Georgi K.;Wang, Jie;Handler, Dominik;Wold, Barbara J.;Weng, Zhiping;Hannon, Gregory J.;Aravin, Alexei A.;Zamore, Phillip D.;Brennecke, Julius;Toth, Katalin Fejes
最近报道，染色质免疫沉淀随后测序（ChIP-seq）揭示了Piwi的全基因组占据位点，Piwi是果蝇中转座子沉默的核心piRNA引导的Argonaute蛋白。他们的研究还报告说，Piwi的丢失会导致转录模式的广泛重新连接，这一点可以通过RNA聚合酶II在整个基因组中占据的变化来证明。在这里，我们重新分析了他们的基础深度测序数据，并报告说，这些数据不支持作者的中心结论。
recently reported that chromatin immuno-precipitation followed by sequencing (ChIP-seq) reveals the genome-wide sites of occupancy by Piwi - a piRNA-guided Argonaute protein central to transposon silencing in Drosophila. Their study also reported that loss of Piwi causes widespread rewiring of transcriptional patterns as evidenced by changes in RNA polymerase II occupancy across the genome. Here we reanalyze their underlying deep sequencing data and report that the data do not support the author’s central conclusions.
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