A genome-wide RNAi screen draws a genetic framework for transposon control and primary piRNA biogenesis in Drosophila.
A genome-wide RNAi screen draws a genetic framework for transposon control and primary piRNA biogenesis in Drosophila.
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DOI：
10.1016/j.molcel.2013.04.006
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发表时间：
2013-06-06
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Hannon, Gregory J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Muerdter, Felix;Guzzardo, Paloma M.;Gillis, Jesse;Luo, Yicheng;Yu, Yang;Chen, Caifu;Fekete, Richard;Hannon, Gregory J.
我们基因组的很大一部分是由可移动的遗传元素组成的。控制生殖细胞中的转座子至关重要，如果做不到这一点，就会损害基因组的完整性，导致不育。在动物中，piRNA途径是转座子限制的关键，然而关于piRNA是如何形成的以及该途径如何抑制移动元件的确切分子细节仍然知之甚少。为了确定转座子控制的一般要求和piRNA途径的新成分，我们在果蝇卵巢体表细胞中进行了全基因组RNAi筛选。我们鉴定并验证了87个转座子沉默所必需的基因。其中有几个新的piRNA生物发生因子。我们还发现CG3893(Asterix)对于转座子沉默是必不可少的，很可能是通过参与转录抑制的效应步骤。Asterix缺失会导致某些转座子上H3K9me3标记的减少，但对piRNA水平没有影响。
A large fraction of our genome consists of mobile genetic elements. Governing transposons in germ cells is critically important, and failure to do so compromises genome integrity, leading to sterility. In animals, the piRNA pathway is the key to transposon constraint, yet the precise molecular details of how piRNAs are formed and how the pathway represses mobile elements remain poorly understood. In an effort to identify general requirements for transposon control and novel components of the piRNA pathway, we carried out a genome-wide RNAi screen in Drosophila ovarian somatic sheet cells. We identified and validated 87 genes necessary for transposon silencing. Among these were several novel piRNA biogenesis factors. We also found CG3893 (asterix) to be essential for transposon silencing, most likely by contributing to the effector step of transcriptional repression. Asterix loss leads to decreases in H3K9me3 marks on certain transposons but has no effect on piRNA levels.
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影响因子：
64.8
作者：
Graveley BR;Brooks AN;Carlson JW;Duff MO;Landolin JM;Yang L;Artieri CG;van Baren MJ;Boley N;Booth BW;Brown JB;Cherbas L;Davis CA;Dobin A;Li R;Lin W;Malone JH;Mattiuzzo NR;Miller D;Sturgill D;Tuch BB;Zaleski C;Zhang D;Blanchette M;Dudoit S;Eads B;Green RE;Hammonds A;Jiang L;Kapranov P;Langton L;Perrimon N;Sandler JE;Wan KH;Willingham A;Zhang Y;Zou Y;Andrews J;Bickel PJ;Brenner SE;Brent MR;Cherbas P;Gingeras TR;Hoskins RA;Kaufman TC;Oliver B;Celniker SE
通讯作者：
Celniker SE
影响因子：
64.8
作者：
Andrulis, ED;Werner, J;Lis, JT
通讯作者：
Lis, JT
果蝇HP1同源性犀牛是通过双链簇产生的转座子沉默和PIRNA所必需的。
影响因子：
64.5
作者：
Klattenhoff C;Xi H;Li C;Lee S;Xu J;Khurana JS;Zhang F;Schultz N;Koppetsch BS;Nowosielska A;Seitz H;Zamore PD;Weng Z;Theurkauf WE
通讯作者：
Theurkauf WE
影响因子：
14.9
作者：
Breitkreutz BJ;Stark C;Reguly T;Boucher L;Breitkreutz A;Livstone M;Oughtred R;Lackner DH;Bähler J;Wood V;Dolinski K;Tyers M
通讯作者：
Tyers M
DOI：
10.1093/bioinformatics/btn431
发表时间：
2008-10-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Andreeva A;Tidow H
通讯作者：
Tidow H