Consistency, comprehensiveness, and compatibility of pathway databases.
Consistency, comprehensiveness, and compatibility of pathway databases.
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DOI：
10.1186/1471-2105-11-449
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发表时间：
2010-09-07
影响因子：
3
通讯作者：
Wong L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Soh D;Dong D;Guo Y;Wong L
为了做出更好的生物学推断，有必要结合生物信息来分析微阵列实验。我们调查了当前生物学数据库的充分性，以满足这一需求。我们的结果显示，三个流行的路径数据库(KEGG、Inenuity和WikiPath)之间的一致性、全面性和兼容性较低。数据库中相似途径中的基因的一致性水平从0%到88%不等。相互作用基因对的相应一致性水平为0%-61%。这三个原始来源可以被认为是可靠的，因为其中报告的相互作用的基因对是正确的，因为它们是经过策划的。然而，这些数据库之间缺乏一致性表明，每个来源都遗漏了许多基因和相互作用的基因对。因此，研究人员将发现从这些不同的数据源中获得一致的路径信息是具有挑战性的。因此，关键是使他们能够通过一致、全面和统一的途径API访问这些来源。我们积累了足够的数据来创建这样一个聚合资源，并使用API方便地访问其信息。这一统一资源可通过http://www.pathwayapi.com.访问
It is necessary to analyze microarray experiments together with biological information to make better biological inferences. We investigate the adequacy of current biological databases to address this need. Our results show a low level of consistency, comprehensiveness and compatibility among three popular pathway databases (KEGG, Ingenuity and Wikipathways). The level of consistency for genes in similar pathways across databases ranges from 0% to 88%. The corresponding level of consistency for interacting genes pairs is 0%-61%. These three original sources can be assumed to be reliable in the sense that the interacting gene pairs reported in them are correct because they are curated. However, the lack of concordance between these databases suggests each source has missed out many genes and interacting gene pairs. Researchers will hence find it challenging to obtain consistent pathway information out of these diverse data sources. It is therefore critical to enable them to access these sources via a consistent, comprehensive and unified pathway API. We accumulated sufficient data to create such an aggregated resource with the convenience of an API to access its information. This unified resource can be accessed at http://www.pathwayapi.com.
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DOI：
10.1073/pnas.0506577102
发表时间：
2005-09-20
影响因子：
11.1
作者：
Tian, L;Greenberg, SA;Park, PJ
通讯作者：
Park, PJ
影响因子：
3
作者：
van Iersel MP;Kelder T;Pico AR;Hanspers K;Coort S;Conklin BR;Evelo C
通讯作者：
Evelo C
影响因子：
14.9
作者：
Karp PD;Ouzounis CA;Moore-Kochlacs C;Goldovsky L;Kaipa P;Ahrén D;Tsoka S;Darzentas N;Kunin V;López-Bigas N
通讯作者：
López-Bigas N
影响因子：
3
作者：
Salomonis, Nathan;Hanspers, Kristina;Pico, Alexander R.
通讯作者：
Pico, Alexander R.
影响因子：
7
作者：
Draghici, Sorin;Khatri, Purvesh;Romero, Roberto
通讯作者：
Romero, Roberto