deepTools: a flexible platform for exploring deep-sequencing data.
deepTools: a flexible platform for exploring deep-sequencing data.
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DOI：
10.1093/nar/gku365
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发表时间：
2014-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Manke T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ramírez F;Dündar F;Diehl S;Grüning BA;Manke T
我们提出了一个基于银河系的Web服务器处理和可视化深度序列数据。Web服务器的核心功能包括一套新开发的工具，称为deepTools，使用户能够在标准化环境中探索其测序实验的结果。用户可以上传预处理的文件，其中包含标准格式的连续数据，并以直接但高度可定制的方式生成热图和摘要图。此外，我们还提供了几种工具，用于分析包含比对读数的文件，并能够高效且可重现地生成标准化覆盖率文件。作为一个模块化和开源的平台，deepTools可以很容易地扩展和定制，以满足未来的需求和发展。deepTools网络服务器可在http://deeptools.ie-freiburg.mpg.de上免费获得，并附有大量文档和教程，旨在传达深度测序数据分析的原则。无需注册即可使用Web服务器。deepTools可以在本地独立安装，也可以作为Galaxy的一部分安装。
We present a Galaxy based web server for processing and visualizing deeply sequenced data. The web server's core functionality consists of a suite of newly developed tools, called deepTools, that enable users with little bioinformatic background to explore the results of their sequencing experiments in a standardized setting. Users can upload pre-processed files with continuous data in standard formats and generate heatmaps and summary plots in a straight-forward, yet highly customizable manner. In addition, we offer several tools for the analysis of files containing aligned reads and enable efficient and reproducible generation of normalized coverage files. As a modular and open-source platform, deepTools can easily be expanded and customized to future demands and developments. The deepTools webserver is freely available at http://deeptools.ie-freiburg.mpg.de and is accompanied by extensive documentation and tutorials aimed at conveying the principles of deep-sequencing data analysis. The web server can be used without registration. deepTools can be installed locally either stand-alone or as part of Galaxy.
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影响因子：
12.3
作者：
Goecks J;Nekrutenko A;Taylor J;Galaxy Team
通讯作者：
Galaxy Team
DOI：
10.1515/1544-6115.1750
发表时间：
2012-01-01
影响因子：
0.9
作者：
Diaz, Aaron;Park, Kiyoub;Song, Jun S.
通讯作者：
Song, Jun S.
影响因子：
14.9
作者：
Cheung MS;Down TA;Latorre I;Ahringer J
通讯作者：
Ahringer J
影响因子：
14.9
作者：
Benjamini Y;Speed TP
通讯作者：
Speed TP
影响因子：
56.9
作者：
Conrad, Thomas;Cavalli, Florence M. G.;Akhtar, Asifa
通讯作者：
Akhtar, Asifa