AutoFACT: an automatic functional annotation and classification tool.
AutoFACT: an automatic functional annotation and classification tool.
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DOI：
10.1186/1471-2105-6-151
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发表时间：
2005-06-16
影响因子：
3
通讯作者：
Burger G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Koski LB;Gray MW;Lang BF;Burger G
为新的分子序列数据分配功能是基因组学项目中的重要步骤。通常的过程涉及给定序列对一个或多个数据库的相似性搜索，这对于大型数据集来说是一个艰巨的过程。我们提出AutoFACT，一个完全自动化和可定制的注释工具，分配生物信息功能的序列。该工具的主要特点是：（1）分析核苷酸和蛋白质序列数据;（2）通过组合来自几个用户选择的数据库的多个BLAST报告来确定信息量最大的功能描述;（3）分配推定的代谢途径、功能类别、酶类别、基因本体学术语和基因座名称;以及（4）为方便用户，生成HTML、文本和GFF格式的输出。我们将AutoFACT与四个成熟的注释管道进行了比较。功能注释的错误率估计仅在1- 2%之间。AutoFACT与传统的top-BLAST-hit注释方法的比较表明，我们的程序将功能信息注释的数量增加了约50%。AutoFACT将作为一个有用的注释工具，用于缺乏专门的生物信息学工作人员的小型测序组。它是用Perl实现的，运行在Linux/UNIX平台上。AutoFACT可在。
Assignment of function to new molecular sequence data is an essential step in genomics projects. The usual process involves similarity searches of a given sequence against one or more databases, an arduous process for large datasets. We present AutoFACT, a fully automated and customizable annotation tool that assigns biologically informative functions to a sequence. Key features of this tool are that it (1) analyzes nucleotide and protein sequence data; (2) determines the most informative functional description by combining multiple BLAST reports from several user-selected databases; (3) assigns putative metabolic pathways, functional classes, enzyme classes, GeneOntology terms and locus names; and (4) generates output in HTML, text and GFF formats for the user's convenience. We have compared AutoFACT to four well-established annotation pipelines. The error rate of functional annotation is estimated to be only between 1–2%. Comparison of AutoFACT to the traditional top-BLAST-hit annotation method shows that our procedure increases the number of functionally informative annotations by approximately 50%. AutoFACT will serve as a useful annotation tool for smaller sequencing groups lacking dedicated bioinformatics staff. It is implemented in PERL and runs on LINUX/UNIX platforms. AutoFACT is available at .
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影响因子：
5.8
作者：
Wyman, SK;Jansen, RK;Boore, JL
通讯作者：
Boore, JL
影响因子：
14.9
作者：
Frishman, D;Mokrejs, M;Mewes, HW
通讯作者：
Mewes, HW
影响因子：
7
作者：
Curwen, V;Eyras, E;Clamp, M
通讯作者：
Clamp, M
DOI：
10.1073/pnas.77.6.3388
发表时间：
1980-01-01
期刊：
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA-BIOLOGICAL SCIENCES
影响因子：
--
作者：
KUROSKY, A;BARNETT, DR;FITCH, WM
通讯作者：
FITCH, WM
影响因子：
5.8
作者：
Almeida, LGP;Paixao, R;Vasconcelos, ATR
通讯作者：
Vasconcelos, ATR