Functions of the Hha and YdgT proteins in transcriptional silencing by the nucleoid proteins, H-NS and StpA, in Escherichia coli.
Functions of the Hha and YdgT proteins in transcriptional silencing by the nucleoid proteins, H-NS and StpA, in Escherichia coli.
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DOI：
10.1093/dnares/dst008
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发表时间：
2013-06
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Oshima T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ueda T;Takahashi H;Uyar E;Ishikawa S;Ogasawara N;Oshima T
HHA和YdgT蛋白被认为通过与H-NS和StpA相互作用来调节水平获得基因的表达，H-NS和StpA在这些基因的转录沉默中起着核心作用。然而，HHA/YdgT也可能独立于H-NS/StpA抑制基因表达，因为我们还不完全了解HHA/YdgT调节H-NS/StpA活性的分子机制。为了进一步了解HHA/YdgT的基本功能，我们分析了HHA/ydgT双失活对大肠杆菌K-12转录组的影响，并与HNS/stpA双失活的影响进行了比较。此外，我们还检测了HHA/ydgT失活对H-NS染色体结合的影响，以及HNS/stpA失活对HHA染色体结合的影响。我们的结果表明，HHA的染色体结合需要H-NS/StpA，并且是抑制H-NS/StpA调节子中的一部分基因所必需的。此外，H-NS结合在HHA/YdgT依赖和非依赖基因周围的分布表明，HHA/YdgT蛋白调节H-NS/StpA-DNA复合体的形成。
The Hha and YdgT proteins are suggested to modulate the expression of horizontally acquired genes by interacting with H-NS and StpA, which play central roles in the transcriptional silencing of such genes. However, it is also possible that Hha/YdgT repress gene expression independently of H-NS/StpA, as we have not fully understood the molecular mechanism through which Hha/YdgT modulate H-NS/StpA activity. To gain further insight into the basic functions of Hha/YdgT, we analysed the impact of hha/ydgT double inactivation on the transcriptome profile of Escherichia coli K-12, and compared the effects with that of hns/stpA double inactivation. In addition, we examined the effects of hha/ydgT inactivation on the chromosomal binding of H-NS, and conversely the effects of hns/stpA inactivation on the chromosomal binding of Hha. Our results demonstrated that the chromosomal binding of Hha requires H-NS/StpA, and is necessary for the repression of a subset of genes in the H-NS/StpA regulon. Furthermore, the distribution of H-NS binding around Hha/YdgT-dependent and -independent genes suggests that Hha/YdgT proteins modulate formation of the H-NS/StpA-DNA complex.
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