Improving functional annotation for industrial microbes: a case study with Pichia pastoris.
Improving functional annotation for industrial microbes: a case study with Pichia pastoris.
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DOI：
10.1016/j.tibtech.2014.05.003
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发表时间：
2014-08
影响因子：
17.3
通讯作者：
Oliver, Stephen G.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dikicioglu, Duygu;Wood, Valerie;Rutherford, Kim M.;McDowall, Mark D.;Oliver, Stephen G.
关键词：
巴斯德毕赤酵母基因组的现状显示缺乏广泛的功能注释。 GO 注释转移和文献管理管道改进了基因组的功能注释。正在考虑可以改善毕赤酵母和许多工业微生物基因组注释状态的管道和工具。注释良好的基因组序列将有助于这些微生物在更广泛的合成生物学应用中的利用。研究微生物模型生物（例如大肠杆菌或酿酒酵母）的研究团体可以通过具有广泛功能注释的模型生物数据库得到很好的服务。然而，对于生物技术中广泛使用的许多工业微生物来说，情况并非如此。在这篇评论文章中，我们使用巴斯德毕赤酵母（Komagataella）来说明现有注释的局限性。我们考虑可以在短期内实施的资源，以提高基于注释转移的基因本体（GO）注释覆盖率，并为该生物体的文献语料库建立管理管道。
The current status of the Pichia pastoris genome is shown to lack extensive functional annotation. GO annotation transfer and literature curation pipelines improve the functional annotation of genomes. Pipelines and tools that can improve the annotation status of the genomes of Pichia pastoris and many industrial microbes are considered. Well-annotated genome sequences will facilitate the utilization of these microbes in a broader range of synthetic biology applications. The research communities studying microbial model organisms, such as Escherichia coli or Saccharomyces cerevisiae, are well served by model organism databases that have extensive functional annotation. However, this is not true of many industrial microbes that are used widely in biotechnology. In this Opinion piece, we use Pichia (Komagataella) pastoris to illustrate the limitations of the available annotation. We consider the resources that can be implemented in the short term both to improve Gene Ontology (GO) annotation coverage based on annotation transfer, and to establish curation pipelines for the literature corpus of this organism.
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影响因子：
14.9
作者：
Kanehisa M;Goto S;Sato Y;Furumichi M;Tanabe M
通讯作者：
Tanabe M
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影响因子：
--
作者：
Jordà J;Suarez C;Carnicer M;ten Pierick A;Heijnen JJ;van Gulik W;Ferrer P;Albiol J;Wahl A
通讯作者：
Wahl A
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14.9
作者：
Jensen LJ;Kuhn M;Stark M;Chaffron S;Creevey C;Muller J;Doerks T;Julien P;Roth A;Simonovic M;Bork P;von Mering C
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作者：
Dimmer EC;Huntley RP;Alam-Faruque Y;Sawford T;O'Donovan C;Martin MJ;Bely B;Browne P;Mun Chan W;Eberhardt R;Gardner M;Laiho K;Legge D;Magrane M;Pichler K;Poggioli D;Sehra H;Auchincloss A;Axelsen K;Blatter MC;Boutet E;Braconi-Quintaje S;Breuza L;Bridge A;Coudert E;Estreicher A;Famiglietti L;Ferro-Rojas S;Feuermann M;Gos A;Gruaz-Gumowski N;Hinz U;Hulo C;James J;Jimenez S;Jungo F;Keller G;Lemercier P;Lieberherr D;Masson P;Moinat M;Pedruzzi I;Poux S;Rivoire C;Roechert B;Schneider M;Stutz A;Sundaram S;Tognolli M;Bougueleret L;Argoud-Puy G;Cusin I;Duek-Roggli P;Xenarios I;Apweiler R
通讯作者：
Apweiler R
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4.4
作者：
Graf A;Gasser B;Dragosits M;Sauer M;Leparc GG;Tüchler T;Kreil DP;Mattanovich D
通讯作者：
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