Pre-calculated protein structure alignments at the RCSB PDB website.
Pre-calculated protein structure alignments at the RCSB PDB website.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq572
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发表时间：
2010-12-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Bourne PE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Prlic A;Bliven S;Rose PW;Bluhm WF;Bizon C;Godzik A;Bourne PE
摘要：随着RCSB蛋白质数据库（PDB）的不断发展，提供所有蛋白质结构的最新系统结构比较提出了越来越大的挑战。在这里，我们提出了一个比较工具来计算一维蛋白质序列和三维蛋白质结构比对。该工具支持RCSB PDB网站上的各种应用程序。首先，结构对齐web服务计算成对对齐。其次，一个独立的应用程序在本地运行对齐并将结果可视化。第三，每周提供并更新整个PDB的预计算3D结构比较。这三个应用程序允许用户发现RCSB PDB或用户提供的可用蛋白质之间的新关系。可用性和实现：web用户界面可在http://www.rcsb.org/pdb/workbench/workbench.do上获得。源代码在LGPL许可下可从http://www.biojava.org获得。为本地执行准备的源代码包可从http://source.rcsb.org联系：andreas@sdsc.edu；pbourne@ucsd.edu
Summary: With the continuous growth of the RCSB Protein Data Bank (PDB), providing an up-to-date systematic structure comparison of all protein structures poses an ever growing challenge. Here, we present a comparison tool for calculating both 1D protein sequence and 3D protein structure alignments. This tool supports various applications at the RCSB PDB website. First, a structure alignment web service calculates pairwise alignments. Second, a stand-alone application runs alignments locally and visualizes the results. Third, pre-calculated 3D structure comparisons for the whole PDB are provided and updated on a weekly basis. These three applications allow users to discover novel relationships between proteins available either at the RCSB PDB or provided by the user. Availability and Implementation: A web user interface is available at http://www.rcsb.org/pdb/workbench/workbench.do. The source code is available under the LGPL license from http://www.biojava.org. A source bundle, prepared for local execution, is available from http://source.rcsb.org Contact: andreas@sdsc.edu; pbourne@ucsd.edu
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DOI：
10.1073/pnas.88.23.10495
发表时间：
1991-12-01
影响因子：
11.1
作者：
NUSSINOV, R;WOLFSON, HJ
通讯作者：
WOLFSON, HJ
影响因子：
5.8
作者：
Holland, R. C. G.;Down, T. A.;Pocock, M.;Prlic, A.;Huen, D.;James, K.;Foisy, S.;Draeger, A.;Yates, A.;Heuer, M.;Schreiber, M. J.
通讯作者：
Schreiber, M. J.
DOI：
10.1093/protein/11.9.739
发表时间：
1998-09-01
期刊：
PROTEIN ENGINEERING
影响因子：
--
作者：
Shindyalov, IN;Bourne, PE
通讯作者：
Bourne, PE
影响因子：
5.8
作者：
Sippl, Manfred J.
通讯作者：
Sippl, Manfred J.
影响因子：
2.1
作者：
Tatusova, TA;Madden, TL
通讯作者：
Madden, TL