Defining the nociceptor transcriptome.
Defining the nociceptor transcriptome.
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DOI：
10.3389/fnmol.2014.00087
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发表时间：
2014
影响因子：
4.8
通讯作者：
McMahon SB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Thakur M;Crow M;Richards N;Davey GI;Levine E;Kelleher JH;Agley CC;Denk F;Harridge SD;McMahon SB
不偏不倚的“组学”技术，如下一代RNA测序，可以为生物系统提供全新的见解。然而，细胞的异质性给这些数据集的分析和解释带来了巨大的障碍。背根神经节(DRG)神经元是研究神经元损伤、再生和疼痛的重要模型。大多数研究人员在研究细胞和分子功能时使用分离的整个神经节的制备方法。我们证明，生产这些制剂的标准方法提供了10%的神经细胞混合物，其余的细胞构成卫星胶质细胞和其他非神经细胞类型。使用一种新的磁净化应用，我们始终从成人组织中获得超过95%的纯净、存活的神经元，显著丰富了表达电压门控离子通道Nav1.8的小直径伤害性感受器。使用全基因组RNA测序，我们比较了目前使用的(10%神经元)和纯(95%伤害性感受器)准备，发现920个基因丰富。这对DRG中小型伤害性神经元的分子组成提供了前所未有的洞察，潜在地改变了以前在组织水平上进行的研究的解释，并表明了这一被广泛研究的细胞群体的一些新的标记。我们预计，这项技术的易用性、可负担性和速度将使其得到广泛采用，大大提高研究伤害性感受器在健康和疾病中的作用的能力。
Unbiased “omics” techniques, such as next generation RNA-sequencing, can provide entirely novel insights into biological systems. However, cellular heterogeneity presents a significant barrier to analysis and interpretation of these datasets. The neurons of the dorsal root ganglia (DRG) are an important model for studies of neuronal injury, regeneration and pain. The majority of investigators utilize a dissociated preparation of whole ganglia when studying cellular and molecular function. We demonstrate that the standard methods for producing these preparations gives a 10%-neuronal mixture of cells, with the remainder of cells constituting satellite glia and other non-neuronal cell types. Using a novel application of magnetic purification, we consistently obtain over 95% pure, viable neurons from adult tissue, significantly enriched for small diameter nociceptors expressing the voltage gated ion channel Nav1.8. Using genome-wide RNA-sequencing we compare the currently used (10% neuronal) and pure (95% nociceptor) preparations and find 920 genes enriched. This gives an unprecedented insight into the molecular composition of small nociceptive neurons in the DRG, potentially altering the interpretation of previous studies performed at the tissue level, and indicating a number of novel markers of this widely-studied population of cells. We anticipate that the ease of use, affordability and speed of this technique will see it become widely adopted, delivering a greatly improved capacity to study the roles of nociceptors in health and disease.
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影响因子：
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作者：
Jensen LJ;Kuhn M;Stark M;Chaffron S;Creevey C;Muller J;Doerks T;Julien P;Roth A;Simonovic M;Bork P;von Mering C
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