GEOfetch: a command-line tool for downloading data and standardized metadata from GEO and SRA.
GEOfetch: a command-line tool for downloading data and standardized metadata from GEO and SRA.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btad069
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发表时间：
2023-03-01
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基因表达综合数据库已经成为二次分析生物学数据的重要来源。然而，没有简单的编程方式来以标准化的注释格式从基因表达综合数据库（GEO）下载数据和元数据。为了解决这个问题，我们提出了GEOfetch的命令行工具，下载和组织数据和元数据从GEO和SRA。GEOfetch将下载的元数据格式化为可移植封装项目，为公共数据的重新分析提供通用格式。GEOfetch可在Bioconda和Python包索引（PyPI）上使用。
The Gene Expression Omnibus has become an important source of biological data for secondary analysis. However, there is no simple, programmatic way to download data and metadata from Gene Expression Omnibus (GEO) in a standardized annotation format. To address this, we present GEOfetch—a command-line tool that downloads and organizes data and metadata from GEO and SRA. GEOfetch formats the downloaded metadata as a Portable Encapsulated Project, providing universal format for the reanalysis of public data. GEOfetch is available on Bioconda and the Python Package Index (PyPI).
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作者：
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Choudhary, Saket