DAhunter: a web-based server that identifies homologous proteins by comparing domain architecture.
DAhunter: a web-based server that identifies homologous proteins by comparing domain architecture.
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DOI：
10.1093/nar/gkn172
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发表时间：
2008-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lee D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lee B;Lee D
我们提出了DAhunter，一个基于Web的服务器，通过比较结构域架构，蛋白质结构域的组织来识别同源蛋白质。比较结构域结构的一个主要障碍是存在“混杂”结构域，它们执行辅助功能并出现在许多不相关的蛋白质中。为了区分这些混杂的结构域与蛋白质结构域，我们根据其丰度和多功能性为从RefSeq蛋白质中提取的每个结构域分配了权重得分。一个域的得分代表了它在“蛋白质世界”中的重要性，并用于比较域架构。在对域进行评分时，DAhunter还考虑域组合以及单个域。为了度量两个域架构的相似性，我们开发了几种基于信息检索中使用的算法（余弦相似性，Goodman-Kruskal γ函数和域重复指数）的方法，然后将这些方法组合成相似性得分。与其他结构域构建算法相比，DAhunter算法在同源性识别方面有更好的表现。该服务器位于http://www.dahunter.kr和http://localodom.kobic.re.kr/dahunter/index.htm
We present DAhunter, a web-based server that identifies homologous proteins by comparing domain architectures, the organization of protein domains. A major obstacle in comparison of domain architecture is the existence of ‘promiscuous’ domains, which carry out auxiliary functions and appear in many unrelated proteins. To distinguish these promiscuous domains from protein domains, we assigned a weight score to each domain extracted from RefSeq proteins, based on its abundance and versatility. A domain's score represents its importance in the ‘protein world’ and is used in the comparison of domain architectures. In scoring domains, DAhunter also considers domain combinations as well as single domains. To measure the similarity of two domain architectures, we developed several methods that are based on algorithms used in information retrieval (the cosine similarity, the Goodman–Kruskal γ function, and domain duplication index) and then combined these into a similarity score. Compared with other domain architecture algorithms, DAhunter is better at identifying homology. The server is available at http://www.dahunter.kr and http://localodom.kobic.re.kr/dahunter/index.htm
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影响因子：
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作者：
Glenisson P;Coessens B;Van Vooren S;Mathys J;Moreau Y;De Moor B
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作者：
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Pruitt KD;Tatusova T;Maglott DR
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