The Virtual Brain: a simulator of primate brain network dynamics.
The Virtual Brain: a simulator of primate brain network dynamics.
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DOI：
10.3389/fninf.2013.00010
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发表时间：
2013
影响因子：
3.5
通讯作者：
Jirsa V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sanz Leon P;Knock SA;Woodman MM;Domide L;Mersmann J;McIntosh AR;Jirsa V
我们介绍了虚拟大脑（TVB），这是一种使用生物学上现实的连接性完整大脑网络模拟的神经信息通信平台。该模拟环境使基于模型的神经生理机制基于不同的大脑尺度的推断，这些机制是宏观神经影像学信号的产生，包括功能性MRI（fMRI），EEG和MEG。来自不同背景的研究人员可以从一个集成软件平台中受益，包括用于数据管理的支持框架（生成，组织，存储，集成和共享）和Python编写的仿真核心。 TVB允许使用单个主题数据对大脑个性化配置进行复制和评估。这种个性化促进了对系统中病理变化的后果的探索，从而允许研究抵消这种不利过程的潜在方法。 TVB的体系结构支持与MATLAB软件包的交互，例如，众所周知的大脑连接工具箱。 TVB可以用于客户端服务器配置中，因此，由于其基于Web的HTML5，JS和WebGL图形用户界面，可以通过Internet访问它。 TVB也可以作为独立的跨平台Python库和应用程序访问，并且用户可以通过脚本接口闲置与科学核心进行交互，从而使科学内核的易于建模，开发和调试。该第二个接口通过将TVB与Python科学界开发的其他图书馆和模块相结合，使其可扩展。在本文中，我们描述了导致TVB开发的理论背景和基础，其主要软件组件的体系结构和特征以及潜在的神经科学应用。
We present The Virtual Brain (TVB), a neuroinformatics platform for full brain network simulations using biologically realistic connectivity. This simulation environment enables the model-based inference of neurophysiological mechanisms across different brain scales that underlie the generation of macroscopic neuroimaging signals including functional MRI (fMRI), EEG and MEG. Researchers from different backgrounds can benefit from an integrative software platform including a supporting framework for data management (generation, organization, storage, integration and sharing) and a simulation core written in Python. TVB allows the reproduction and evaluation of personalized configurations of the brain by using individual subject data. This personalization facilitates an exploration of the consequences of pathological changes in the system, permitting to investigate potential ways to counteract such unfavorable processes. The architecture of TVB supports interaction with MATLAB packages, for example, the well known Brain Connectivity Toolbox. TVB can be used in a client-server configuration, such that it can be remotely accessed through the Internet thanks to its web-based HTML5, JS, and WebGL graphical user interface. TVB is also accessible as a standalone cross-platform Python library and application, and users can interact with the scientific core through the scripting interface IDLE, enabling easy modeling, development and debugging of the scientific kernel. This second interface makes TVB extensible by combining it with other libraries and modules developed by the Python scientific community. In this article, we describe the theoretical background and foundations that led to the development of TVB, the architecture and features of its major software components as well as potential neuroscience applications.
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影响因子：
7.8
作者：
Breakspear, M;Terry, JR;Friston, KJ
通讯作者：
Friston, KJ
影响因子：
1.9
作者：
AMARI, SI
通讯作者：
AMARI, SI
影响因子：
3.7
作者：
Breakspear, M.;Roberts, J. A.;Robinson, P. A.
通讯作者：
Robinson, P. A.
DOI：
10.1097/00004647-199701000-00009
发表时间：
1997-01-01
影响因子：
6.3
作者：
Buxton, RB;Frank, LR
通讯作者：
Frank, LR
影响因子：
4.3
作者：
Bojak I;Liley DT
通讯作者：
Liley DT