MageComet--web application for harmonizing existing large-scale experiment descriptions.
MageComet--web application for harmonizing existing large-scale experiment descriptions.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts148
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发表时间：
2012-05-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Parkinson H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xue V;Burdett T;Lukk M;Taylor J;Brazma A;Parkinson H
动机：从公共数据库获得的大型基因表达数据集的荟萃分析需要一致的注释数据。然而，这种实验的策展是一项涉及重复操作文本的专业活动。现有的自动化策展工具很少，这阻碍了分析管道。结果如下：我们提出了MageComet，生物学家和注释者的网络应用程序，便于重新注释MAGE-TAB格式的基因表达实验。它结合了数据挖掘，自动注释，使用本体和数据验证，以提高ArrayExpress存储库中实验元数据的一致性和质量。可用性和实现：MageComet的源代码和教程可以在GNU GPL v3许可证下在goo.gl/8LQPR上公开获得。可以在goo.gl/IdCuA上找到实现方法联系xue.vin @ gmail.com parkinson@ebi.ac.uk
Motivation: Meta-analysis of large gene expression datasets obtained from public repositories requires consistently annotated data. Curation of such experiments, however, is an expert activity which involves repetitive manipulation of text. Existing tools for automated curation are few, which bottleneck the analysis pipeline. Results: We present MageComet, a web application for biologists and annotators that facilitates the re-annotation of gene expression experiments in MAGE-TAB format. It incorporates data mining, automatic annotation, use of ontologies and data validation to improve the consistency and quality of experimental meta-data from the ArrayExpress Repository. Availability and implementation: Source and tutorials for MageComet are openly available at goo.gl/8LQPR under the GNU GPL v3 licenses. An implementation can be found at goo.gl/IdCuA Contact: parkinson@ebi.ac.uk or xue.vin@gmail.com
影响因子：
14.9
作者：
Parkinson H;Kapushesky M;Kolesnikov N;Rustici G;Shojatalab M;Abeygunawardena N;Berube H;Dylag M;Emam I;Farne A;Holloway E;Lukk M;Malone J;Mani R;Pilicheva E;Rayner TF;Rezwan F;Sharma A;Williams E;Bradley XZ;Adamusiak T;Brandizi M;Burdett T;Coulson R;Krestyaninova M;Kurnosov P;Maguire E;Neogi SG;Rocca-Serra P;Sansone SA;Sklyar N;Zhao M;Sarkans U;Brazma A
通讯作者：
Brazma A
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq099
发表时间：
2010-04-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Malone J;Holloway E;Adamusiak T;Kapushesky M;Zheng J;Kolesnikov N;Zhukova A;Brazma A;Parkinson H
通讯作者：
Parkinson H
影响因子：
3
作者：
Adamusiak, Tomasz;Burdett, Tony;Swertz, Morris A.
通讯作者：
Swertz, Morris A.