Modeling sample variables with an Experimental Factor Ontology.
Modeling sample variables with an Experimental Factor Ontology.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq099
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发表时间：
2010-04-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Parkinson H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Malone J;Holloway E;Adamusiak T;Kapushesky M;Zheng J;Kolesnikov N;Zhukova A;Brazma A;Parkinson H
动机：由于实验的跨领域性质，用本体描述生物样本变量是复杂的。本体提供注释解决方案;然而，对于跨域调查，需要多个本体来表示数据。这些方法变化迅速，往往不能相互操作，而且复杂，对生物资源使用者构成障碍。结果：我们提出了实验因子本体，旨在满足跨领域，应用程序为重点的基因表达数据的用例。我们描述了我们的方法和开源工具来创建本体。这些工具包括用于创建本体映射、本体视图、检测本体变化以及在接口中使用本体来增强查询的工具。参考本体数据的应用是一个关键问题，这项工作提出了如何社区本体可以在一个应用本体中的数据驱动的方式。可用性：http://www.ebi.ac.uk/efo联系：malone@ebi.ac.uk补充信息：补充数据可在生物信息学在线。
Motivation: Describing biological sample variables with ontologies is complex due to the cross-domain nature of experiments. Ontologies provide annotation solutions; however, for cross-domain investigations, multiple ontologies are needed to represent the data. These are subject to rapid change, are often not interoperable and present complexities that are a barrier to biological resource users. Results: We present the Experimental Factor Ontology, designed to meet cross-domain, application focused use cases for gene expression data. We describe our methodology and open source tools used to create the ontology. These include tools for creating ontology mappings, ontology views, detecting ontology changes and using ontologies in interfaces to enhance querying. The application of reference ontologies to data is a key problem, and this work presents guidelines on how community ontologies can be presented in an application ontology in a data-driven way. Availability: http://www.ebi.ac.uk/efo Contact: malone@ebi.ac.uk Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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Lewis, Suzanna
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Parkinson H;Kapushesky M;Kolesnikov N;Rustici G;Shojatalab M;Abeygunawardena N;Berube H;Dylag M;Emam I;Farne A;Holloway E;Lukk M;Malone J;Mani R;Pilicheva E;Rayner TF;Rezwan F;Sharma A;Williams E;Bradley XZ;Adamusiak T;Brandizi M;Burdett T;Coulson R;Krestyaninova M;Kurnosov P;Maguire E;Neogi SG;Rocca-Serra P;Sansone SA;Sklyar N;Zhao M;Sarkans U;Brazma A
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作者：
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