Signaling pathways activation profiles make better markers of cancer than expression of individual genes.
Signaling pathways activation profiles make better markers of cancer than expression of individual genes.
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DOI：
10.18632/oncotarget.2548
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发表时间：
2014-10-30
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Buzdin AA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Borisov NM;Terekhanova NV;Aliper AM;Venkova LS;Smirnov PY;Roumiantsev S;Korzinkin MB;Zhavoronkov AA;Buzdin AA
鉴定可靠和准确的分子标记物仍然是当代生物医学的主要挑战之一。我们开发了一种新的生物信息学技术，称为Oncotomy，第一次能够基于转录组数据定量测量细胞内信号通路的激活。信号通路调节健康和疾病中的所有主要细胞事件。在这里，我们表明通路激活强度（PAS）值本身可以作为癌症的生物标志物，并将其与基于单个基因表达的“传统”分子标志物进行了比较。我们应用Oncotelin对9种人类癌症类型的基因表达数据集进行了分析，包括膀胱癌，基底细胞癌，胶质母细胞瘤，肝细胞癌，肺腺癌，口腔舌鳞状细胞癌，原发性黑色素瘤，前列腺癌和肾癌，共292个癌症和128个正常组织样本取自基因表达综合库（GEO）。我们分析了涉及~2700个基因产物的82个信号通路的激活。对于测试的9/9的癌症类型，PAS值显示出与包围每个途径的单个基因相比更好的曲线下面积（AUC）评分。这些结果证明PAS值可以作为一种新型的癌症生物标志物，优于传统的基因表达生物标志物，具有上级作用。
Identification of reliable and accurate molecular markers remains one of the major challenges of contemporary biomedicine. We developed a new bioinformatic technique termed OncoFinder that for the first time enables to quantatively measure activation of intracellular signaling pathways basing on transcriptomic data. Signaling pathways regulate all major cellular events in health and disease. Here, we showed that the Pathway Activation Strength (PAS) value itself may serve as the biomarker for cancer, and compared it with the “traditional” molecular markers based on the expression of individual genes. We applied OncoFinder to profile gene expression datasets for the nine human cancer types including bladder cancer, basal cell carcinoma, glioblastoma, hepatocellular carcinoma, lung adenocarcinoma, oral tongue squamous cell carcinoma, primary melanoma, prostate cancer and renal cancer, totally 292 cancer and 128 normal tissue samples taken from the Gene expression omnibus (GEO) repository. We profiled activation of 82 signaling pathways that involve ~2700 gene products. For 9/9 of the cancer types tested, the PAS values showed better area-under-the-curve (AUC) scores compared to the individual genes enclosing each of the pathways. These results evidence that the PAS values can be used as a new type of cancer biomarkers, superior to the traditional gene expression biomarkers.
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DOI：
10.4161/cc.25062
发表时间：
2013-06-15
期刊：
Cell cycle (Georgetown, Tex.)
影响因子：
--
作者：
Blagosklonny MV
通讯作者：
Blagosklonny MV
DOI：
10.4049/jimmunol.1301966
发表时间：
2013-11-01
期刊：
Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
影响因子：
--
作者：
Griesinger AM;Birks DK;Donson AM;Amani V;Hoffman LM;Waziri A;Wang M;Handler MH;Foreman NK
通讯作者：
Foreman NK
影响因子：
11.2
作者：
Furge, Kyle A.;Chen, Jindong;Teh, Bin Tean
通讯作者：
Teh, Bin Tean
尿激酶型纤溶酶原激活剂受体信号传导在鼻咽癌细胞生长和转移中至关重要
影响因子：
4.3
作者：
Bao, Ying-Na;Cao, Xue;Qian, Chao-Nan
通讯作者：
Qian, Chao-Nan
影响因子：
2
作者：
Bast, RC;Xu, FJ;Mills, GB
通讯作者：
Mills, GB