Swan: a library for the analysis and visualization of long-read transcriptomes.
Swan: a library for the analysis and visualization of long-read transcriptomes.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btaa836
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发表时间：
2021-06-09
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Mortazavi A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Reese F;Mortazavi A
PacBio和Oxford Nanopore等长读段RNA测序技术已经发现了新的转录异构体的爆炸，这些异构体很难使用目前可用的工具进行可视化分析。我们介绍Swan Python库，该库旨在分析和可视化转录本模型。Swan在细胞系HepG2和HFFc6之间发现了4909个差异表达的转录本，其中包括279个差异表达的转录本，即使亲本基因没有差异表达。此外，Swan还发现了GENCODE v29注释中未记录的285个可重复的外显子跳跃和47个内含子保留事件。Python 3的Swan库可以在PyPi上https://pypi.org/project/swan-vis/和GitHub上https://github.com/mortazavilab/swan_vis获得。
Long-read RNA-sequencing technologies such as PacBio and Oxford Nanopore have discovered an explosion of new transcript isoforms that are difficult to visually analyze using currently available tools. We introduce the Swan Python library, which is designed to analyze and visualize transcript models. Swan finds 4909 differentially expressed transcripts between cell lines HepG2 and HFFc6, including 279 that are differentially expressed even though the parent gene is not. Additionally, Swan discovers 285 reproducible exon skipping and 47 intron retention events not recorded in the GENCODE v29 annotation. The Swan library for Python 3 is available on PyPi at https://pypi.org/project/swan-vis/ and on GitHub at https://github.com/mortazavilab/swan_vis.
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影响因子：
7
作者：
Harrow J;Frankish A;Gonzalez JM;Tapanari E;Diekhans M;Kokocinski F;Aken BL;Barrell D;Zadissa A;Searle S;Barnes I;Bignell A;Boychenko V;Hunt T;Kay M;Mukherjee G;Rajan J;Despacio-Reyes G;Saunders G;Steward C;Harte R;Lin M;Howald C;Tanzer A;Derrien T;Chrast J;Walters N;Balasubramanian S;Pei B;Tress M;Rodriguez JM;Ezkurdia I;van Baren J;Brent M;Haussler D;Kellis M;Valencia A;Reymond A;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJ
通讯作者：
Hubbard TJ
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12.3
作者：
Wolf FA;Angerer P;Theis FJ
通讯作者：
Theis FJ
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作者：
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Burge, Christopher B.
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作者：
Conesa A;Madrigal P;Tarazona S;Gomez-Cabrero D;Cervera A;McPherson A;Szcześniak MW;Gaffney DJ;Elo LL;Zhang X;Mortazavi A
通讯作者：
Mortazavi A
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作者：
Li YI;Knowles DA;Humphrey J;Barbeira AN;Dickinson SP;Im HK;Pritchard JK
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Pritchard JK