Generation of unfolded outer membrane protein ensembles defined by hydrodynamic properties
Generation of unfolded outer membrane protein ensembles defined by hydrodynamic properties
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由流体动力学特性定义的未折叠外膜蛋白整体的生成
DOI：
10.1007/s00249-023-01639-y
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Fleming, Karen G.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Devlin, Taylor;Fleming, Patrick J.;Loza, Nicole;Fleming, Karen G.
外膜蛋白（OMPs）必须以未折叠的整体存在，同时与革兰氏阴性细菌周质中的伴侣网络相互作用。在这里，我们开发了一种方法来模拟未折叠的OMP（uOMP）的构象系综使用两个良好的研究OMP的实验性质。在不存在变性剂的情况下，通过测量作为尿素浓度的函数的沉降系数来实验性地定义未折叠的集合体的总体尺寸和形状。我们使用这些数据通过参数化目标粗粒度模拟协议来模拟全范围的未折叠构象。系综成员进一步完善了短分子动力学模拟，以反映适当的扭转角。最终的构象集合具有不同于未折叠的可溶性和内在无序的蛋白质的聚合物性质，并揭示了未折叠状态的固有差异，需要进一步研究。构建这些uOMP系综推进了对OMP生物起源的理解，并为解释uOMP-伴侣复合物的结构提供了必要的信息。
Outer membrane proteins (OMPs) must exist as an unfolded ensemble while interacting with a chaperone network in the periplasm of Gram-negative bacteria. Here, we developed a method to model unfolded OMP (uOMP) conformational ensembles using the experimental properties of two well-studied OMPs. The overall sizes and shapes of the unfolded ensembles in the absence of a denaturant were experimentally defined by measuring the sedimentation coefficient as a function of urea concentration. We used these data to model a full range of unfolded conformations by parameterizing a targeted coarse-grained simulation protocol. The ensemble members were further refined by short molecular dynamics simulations to reflect proper torsion angles. The final conformational ensembles have polymer properties different from unfolded soluble and intrinsically disordered proteins and reveal inherent differences in the unfolded states that necessitate further investigation. Building these uOMP ensembles advances the understanding of OMP biogenesis and provides essential information for interpreting structures of uOMP-chaperone complexes.
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DOI：
10.1016/j.bbamem.2017.09.020
发表时间：
2017-12
期刊：
Biochimica et biophysica acta. Biomembranes
影响因子：
--
作者：
Chaturvedi D;Mahalakshmi R
通讯作者：
Mahalakshmi R
外膜生物发生。
影响因子：
10.5
作者：
Konovalova A;Kahne DE;Silhavy TJ
通讯作者：
Silhavy TJ
计算、分析和比较本质无序蛋白质构象整体中的回转半径和流体动力学半径
DOI：
10.1101/679373
发表时间：
2019
期刊：
bioRxiv
影响因子：
--
作者：
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通讯作者：
K. Lindorff
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4.1
作者：
T. Ulrich;D. Rapaport
通讯作者：
D. Rapaport
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DOI：
--
发表时间：
2019
影响因子：
11.1
作者：
Utsab R. Shrestha;Puneet Juneja;Qiu Zhang;V. Gurumoorthy;J. Borreguero;V. Urban;Xiaolin Cheng;S. Pingali;Jeremy C. Smith;H. O’Neill;Loukas Petridis
通讯作者：
Loukas Petridis