Profiles of miRNA Isoforms and tRNA Fragments in Prostate Cancer.
Profiles of miRNA Isoforms and tRNA Fragments in Prostate Cancer.
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DOI：
10.1038/s41598-018-22488-2
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发表时间：
2018-03-28
影响因子：
4.6
通讯作者：
Rigoutsos I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Magee RG;Telonis AG;Loher P;Londin E;Rigoutsos I
MicroRNA （miRNA）异构体（“isomir”）和trna衍生片段（“trf”）是功能强大的调节性非编码rna （ncrna）。在人体组织中，这两种类型的分子都很丰富，其表达模式取决于一个人的种族、性别和人口来源。在这里，我们从异构体和trf的角度对癌症基因组图谱（TCGA）的前列腺癌（PRAD）数据集进行了分析。这项研究首次在一大批PRAD患者中同时检测异构体和trf。我们发现异构体和trf与信使rna （mrna）有广泛的相关性。这些相关性在PRAD中被破坏，这表明在疾病状态下调节网络被破坏。值得注意的是，我们发现异构体和trf在不同种族的患者中存在差异。我们希望本文的发现可以为未来的研究奠定基础，旨在阐明PRAD中存在的这两类ncrna的众多不同成员的功能作用。
MicroRNA (miRNA) isoforms (“isomiRs”) and tRNA-derived fragments (“tRFs”) are powerful regulatory non-coding RNAs (ncRNAs). In human tissues, both types of molecules are abundant, with expression patterns that depend on a person’s race, sex and population origin. Here, we present our analyses of the Prostate Cancer (PRAD) datasets of The Cancer Genome Atlas (TCGA) from the standpoint of isomiRs and tRFs. This study represents the first simultaneous examination of isomiRs and tRFs in a large cohort of PRAD patients. We find that isomiRs and tRFs have extensive correlations with messenger RNAs (mRNAs). These correlations are disrupted in PRAD, which suggests disruptions of the regulatory network in the disease state. Notably, we find that the profiles of isomiRs and tRFs differ in patients belonging to different races. We hope that the presented findings can lay the groundwork for future research efforts aimed at elucidating the functional roles of the numerous and distinct members of these two categories of ncRNAs that are present in PRAD.
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影响因子：
28.4
作者：
Barrington WE;Schenk JM;Etzioni R;Arnold KB;Neuhouser ML;Thompson IM Jr;Lucia MS;Kristal AR
通讯作者：
Kristal AR
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--
作者：
Koppers-Lalic D;Hackenberg M;de Menezes R;Misovic B;Wachalska M;Geldof A;Zini N;de Reijke T;Wurdinger T;Vis A;van Moorselaar J;Pegtel M;Bijnsdorp I
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Bijnsdorp I
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作者：
Goodarzi H;Liu X;Nguyen HC;Zhang S;Fish L;Tavazoie SF
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Tavazoie SF
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Griffiths-Jones, S
影响因子：
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作者：
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Enright AJ