A functional group-guided approach to aptamers for small molecules.
A functional group-guided approach to aptamers for small molecules.
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DOI：
10.1126/science.abn9859
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发表时间：
2023-06-02
期刊：
影响因子：
56.9
通讯作者：
Stojanovic, Milan N.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yang, Kyungae;Mitchell, Noelle M.;Banerjee, Saswata;Cheng, Zhenzhuang;Taylor, Steven;Kostic, Aleksandra M.;Wong, Isabel;Sajjath, Sairaj;Zhang, Yameng;Stevens, Jacob;Mohan, Sumit;Landry, Donald W.;Worgall, Tilla S.;Andrews, Anne M.;Stojanovic, Milan N.
适体受体是重要的生物传感器成分，但我们识别它们的能力取决于目标结构。我们分析了小分子上单个官能团对27对靶适体结合的贡献，确定了受体分离的潜在障碍，例如，位阻官能团之间的负协同作用。为了增加对重要靶点（如亮氨酸和伏立康唑）的适体分离的可能性，我们设计了定制的策略，重点克服成功选择的个体结构障碍。这种方法使我们能够超越标准化的协议，进入功能群引导的搜索，依靠受体共同的序列作为靶标及其类似物，在可能发现有用试剂的巨大寡核苷酸空间区域中作为锚点。有机化学和药物化学的概念指导了小分子靶点适配体的分离。
Aptameric receptors are important biosensor components, yet our ability to identify them depends on the target structures. We analyzed the contributions of individual functional groups on small molecules to binding within 27 target-aptamer pairs, identifying potential hindrances to receptor isolation, for example, negative cooperativity between sterically hindered functional groups. To increase the probability of aptamer isolation for important targets, such as leucine and voriconazole, where multiple previous selection attempts failed, we designed tailored strategies focused on overcoming individual structural barriers to successful selections. This approach enables us to move beyond standardized protocols into functional group-guided searches, relying on sequences common to receptors for targets and their analogs to serve as anchors in regions of vast oligonucleotide spaces wherein useful reagents are likely to be found. Concepts from organic and medicinal chemistry guide isolation of aptamers for small molecule targets.
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