The genomic landscape of familial glioma.
The genomic landscape of familial glioma.
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DOI：
10.1126/sciadv.ade2675
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发表时间：
2023-04-28
期刊：
影响因子：
13.6
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
神经胶质瘤是一种罕见的脑肿瘤，预后不良。家族性胶质瘤是胶质瘤的一个亚类，具有很强的遗传易感性，约占胶质瘤病例的5%。我们对来自189个家族的203名有家族性胶质瘤病史的个体进行了探索性队列和来自115个家族的122名个体的额外验证队列进行了全基因组测序。我们发现两个队列中7个基因的罕见有害变体显著富集，最显著富集的基因是HERC2（P = 0.0006）。此外，我们确定了罕见的非编码变异体在两个队列中，预计影响转录因子结合位点或引起隐蔽剪接。最后，我们选择了一个已发现基因的子集，通过CRISPR敲除筛选进行验证，发现DMBT1、HP1BP3和ZCH7B3对增殖具有深远的影响。本研究对家族性胶质瘤的基因组进行了全面的监测。基因被鉴定为易患家族性神经胶质瘤，一种罕见的，遗传性和致命的疾病。
Glioma is a rare brain tumor with a poor prognosis. Familial glioma is a subset of glioma with a strong genetic predisposition that accounts for approximately 5% of glioma cases. We performed whole-genome sequencing on an exploratory cohort of 203 individuals from 189 families with a history of familial glioma and an additional validation cohort of 122 individuals from 115 families. We found significant enrichment of rare deleterious variants of seven genes in both cohorts, and the most significantly enriched gene was HERC2 (P = 0.0006). Furthermore, we identified rare noncoding variants in both cohorts that were predicted to affect transcription factor binding sites or cause cryptic splicing. Last, we selected a subset of discovered genes for validation by CRISPR knockdown screening and found that DMBT1, HP1BP3, and ZCH7B3 have profound impacts on proliferation. This study performs comprehensive surveillance of the genomic landscape of familial glioma. Genes are identified that predispose to familial glioma, a rare, genetic and deadly disease.
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作者：
Czene, K;Lichtenstein, P;Hemminki, K
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Hemminki, K
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Andersson U;Wibom C;Cederquist K;Aradottir S;Borg A;Armstrong GN;Shete S;Lau CC;Bainbridge MN;Claus EB;Barnholtz-Sloan J;Lai R;Il'yasova D;Houlston RS;Schildkraut J;Bernstein JL;Olson SH;Jenkins RB;Lachance DH;Wrensch M;Davis FG;Merrell R;Johansen C;Sadetzki S;Gliogene Consortium;Bondy ML;Melin BS
通讯作者：
Melin BS