CHARMM-GUI Membrane Builder: Past, Current, and Future Developments and Applications.
CHARMM-GUI Membrane Builder: Past, Current, and Future Developments and Applications.
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DOI：
10.1021/acs.jctc.2c01246
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发表时间：
2023-04-25
影响因子：
5.5
通讯作者：
Im, Wonpil
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Feng, Shasha;Park, Soohyung;Choi, Yeol Kyo;Im, Wonpil
膜和膜蛋白的分子动力学模拟作为计算显微镜，揭示协调的事件在膜界面。由于G蛋白偶联受体、离子通道、转运蛋白和膜结合酶是重要的药物靶点，因此了解它们在现实膜中的药物结合和作用机制变得至关重要。材料科学和物理化学的进步进一步要求对脂质结构域以及材料和膜之间的相互作用进行原子理解。尽管进行了广泛的膜模拟研究，但生成复杂的膜组件仍然具有挑战性。在这里，我们回顾了CHARMM-GUI Membrane Builder在新兴研究需求背景下的能力，以及CHARMM-GUI用户社区的应用实例，包括膜生物物理学，膜蛋白药物结合和动力学，蛋白质-脂质相互作用和纳米生物界面。我们还提供了我们对未来膜构建器发展的看法。
Molecular dynamics simulations of membranes and membrane proteins serve as computational microscopes, revealing coordinated events at the membrane interface. As G protein-coupled receptors, ion channels, transporters, and membrane-bound enzymes are important drug targets, understanding their drug binding and action mechanisms in a realistic membrane becomes critical. Advances in materials science and physical chemistry further demand an atomistic understanding of lipid domains and interactions between materials and membranes. Despite a wide range of membrane simulation studies, generating a complex membrane assembly remains challenging. Here, we review the capability of CHARMM-GUI Membrane Builder in the context of emerging research demands, as well as the application examples from the CHARMM-GUI user community, including membrane biophysics, membrane protein drug-binding and dynamics, protein–lipid interactions, and nano-bio interface. We also provide our perspective on future Membrane Builder development.
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DOI：
10.1016/j.str.2021.03.018
发表时间：
2021-09-02
期刊：
Structure (London, England : 1993)
影响因子：
--
作者：
Aleshin AE;Yao Y;Iftikhar A;Bobkov AA;Yu J;Cadwell G;Klein MG;Dong C;Bankston LA;Liddington RC;Im W;Powis G;Marassi FM
通讯作者：
Marassi FM
影响因子：
--
作者：
Plouffe, Bianca;Karamitri, Angeliki;Flock, Tilman;Gallion, Jonathan M;Houston, Shane;Daly, Carole A;Bonnefond, Amelie;Guillaume, Jean-Luc;Le Gouill, Christian;Froguel, Phillipe;Lichtarge, Olivier;Deupi, Xavier;Jockers, Ralf;Bouvier, Michel
通讯作者：
Bouvier, Michel
DOI：
10.3390/nano11123410
发表时间：
2021-12-16
期刊：
Nanomaterials (Basel, Switzerland)
影响因子：
--
作者：
Al Kury LT;Papandreou D;Hurmach VV;Dryn DO;Melnyk MI;Platonov MO;Prylutskyy YI;Ritter U;Scharff P;Zholos AV
通讯作者：
Zholos AV
影响因子：
3.4
作者：
Beaven, Andrew H.;Maer, Andreia M.;Im, Wonpil
通讯作者：
Im, Wonpil
影响因子：
4
作者：
Claveras Cabezudo A;Feriel Khoualdi A;D'Avanzo N
通讯作者：
D'Avanzo N