LocusExplorer: a user-friendly tool for integrated visualization of human genetic association data and biological annotations.
LocusExplorer: a user-friendly tool for integrated visualization of human genetic association data and biological annotations.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btv690
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发表时间：
2016-03-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kote-Jarai Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dadaev T;Leongamornlert DA;Saunders EJ;Eeles R;Kote-Jarai Z
摘要：在本文中，我们介绍了 LocusExplorer，一种用于遗传关联数据的数据可视化和探索工具。 LocusExplorer 使用 Shiny 库用 R 编写，通过简单的用户界面提供对基于 R 的强大功能的访问。 LocusExplorer 允许用户在单个图像中同时显示人类的遗传、统计和生物数据，并允许动态缩放和自定义绘图功能。然后可以以各种文件格式生成出版物质量图。 可用性和实施：LocusExplorer 是开源的，通过 R 和 Web 浏览器运行。它可以在 www.oncogenics.icr.ac.uk/LocusExplorer/ 上找到，也可以在本地安装，并从 https://github.com/oncogenics/LocusExplorer 访问源代码。 联系方式：tokhir.dadaev@icr.ac.uk
Summary: In this article, we present LocusExplorer, a data visualization and exploration tool for genetic association data. LocusExplorer is written in R using the Shiny library, providing access to powerful R-based functions through a simple user interface. LocusExplorer allows users to simultaneously display genetic, statistical and biological data for humans in a single image and allows dynamic zooming and customization of the plot features. Publication quality plots may then be produced in a variety of file formats. Availability and implementation: LocusExplorer is open source and runs through R and a web browser. It is available at www.oncogenetics.icr.ac.uk/LocusExplorer/ or can be installed locally and the source code accessed from https://github.com/oncogenetics/LocusExplorer. Contact: tokhir.dadaev@icr.ac.uk
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影响因子：
48
作者：
Huber W;Carey VJ;Gentleman R;Anders S;Carlson M;Carvalho BS;Bravo HC;Davis S;Gatto L;Girke T;Gottardo R;Hahne F;Hansen KD;Irizarry RA;Lawrence M;Love MI;MacDonald J;Obenchain V;Oleś AK;Pagès H;Reyes A;Shannon P;Smyth GK;Tenenbaum D;Waldron L;Morgan M
通讯作者：
Morgan M
影响因子：
14.9
作者：
Ward LD;Kellis M
通讯作者：
Kellis M
影响因子：
14.9
作者：
Rosenbloom KR;Armstrong J;Barber GP;Casper J;Clawson H;Diekhans M;Dreszer TR;Fujita PA;Guruvadoo L;Haeussler M;Harte RA;Heitner S;Hickey G;Hinrichs AS;Hubley R;Karolchik D;Learned K;Lee BT;Li CH;Miga KH;Nguyen N;Paten B;Raney BJ;Smit AF;Speir ML;Zweig AS;Haussler D;Kuhn RM;Kent WJ
通讯作者：
Kent WJ
影响因子：
5.8
作者：
Johnson, Andrew D.;Handsaker, Robert E.;de Bakker, Paul I. W.
通讯作者：
de Bakker, Paul I. W.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq419
发表时间：
2010-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Pruim RJ;Welch RP;Sanna S;Teslovich TM;Chines PS;Gliedt TP;Boehnke M;Abecasis GR;Willer CJ
通讯作者：
Willer CJ