Ensembl 2017.
Ensembl 2017.
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DOI：
10.1093/nar/gkw1104
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Flicek P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Aken BL;Achuthan P;Akanni W;Amode MR;Bernsdorff F;Bhai J;Billis K;Carvalho-Silva D;Cummins C;Clapham P;Gil L;Girón CG;Gordon L;Hourlier T;Hunt SE;Janacek SH;Juettemann T;Keenan S;Laird MR;Lavidas I;Maurel T;McLaren W;Moore B;Murphy DN;Nag R;Newman V;Nuhn M;Ong CK;Parker A;Patricio M;Riat HS;Sheppard D;Sparrow H;Taylor K;Thormann A;Vullo A;Walts B;Wilder SP;Zadissa A;Kostadima M;Martin FJ;Muffato M;Perry E;Ruffier M;Staines DM;Trevanion SJ;Cunningham F;Yates A;Zerbino DR;Flicek P
Ensembl（www.ensembl.org）是一个数据库和基因组浏览器，用于脊椎动物基因组研究。我们导入，分析，策划和整合各种大规模参考数据，以创建比任何单个数据集更全面的基因组生物学视图。我们广泛的数据资源包括基于证据的基因和调控区注释，基因组变异和基因树。一套配套的工具、基础设施和程序化访问方法可确保对所有受支持物种进行统一的数据分析和分发。总之，这些为大规模和有针对性的基因组学应用提供了全面的解决方案。在过去一年的许多其他发展中，我们改进了基因调控和比较基因组学的资源，并增加了CRISPR/Cas9靶位点。我们发布了新的浏览器功能和工具，包括改进的基因组变异过滤和优先级排序，连锁不平衡和eQTL数据的曼哈顿图可视化，以及表型，性状和疾病的本体搜索。我们还通过跟踪中心注册表和一系列新的REST端点增强了数据发现和访问。所有Ensembl数据都免费发布给科学界，我们的源代码通过开源Apache 2.0许可证提供。
Ensembl (www.ensembl.org) is a database and genome browser for enabling research on vertebrate genomes. We import, analyse, curate and integrate a diverse collection of large-scale reference data to create a more comprehensive view of genome biology than would be possible from any individual dataset. Our extensive data resources include evidence-based gene and regulatory region annotation, genome variation and gene trees. An accompanying suite of tools, infrastructure and programmatic access methods ensure uniform data analysis and distribution for all supported species. Together, these provide a comprehensive solution for large-scale and targeted genomics applications alike. Among many other developments over the past year, we have improved our resources for gene regulation and comparative genomics, and added CRISPR/Cas9 target sites. We released new browser functionality and tools, including improved filtering and prioritization of genome variation, Manhattan plot visualization for linkage disequilibrium and eQTL data, and an ontology search for phenotypes, traits and disease. We have also enhanced data discovery and access with a track hub registry and a selection of new REST end points. All Ensembl data are freely released to the scientific community and our source code is available via the open source Apache 2.0 license.
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影响因子：
14.9
作者：
Harrow JL;Steward CA;Frankish A;Gilbert JG;Gonzalez JM;Loveland JE;Mudge J;Sheppard D;Thomas M;Trevanion S;Wilming LG
通讯作者：
Wilming LG
DOI：
10.1093/bioinformatics/btv308
发表时间：
2015-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Hodgkins A;Farne A;Perera S;Grego T;Parry-Smith DJ;Skarnes WC;Iyer V
通讯作者：
Iyer V
影响因子：
14.9
作者：
NCBI Resource Coordinators
通讯作者：
NCBI Resource Coordinators
影响因子：
14.9
作者：
Flicek P;Amode MR;Barrell D;Beal K;Billis K;Brent S;Carvalho-Silva D;Clapham P;Coates G;Fitzgerald S;Gil L;Girón CG;Gordon L;Hourlier T;Hunt S;Johnson N;Juettemann T;Kähäri AK;Keenan S;Kulesha E;Martin FJ;Maurel T;McLaren WM;Murphy DN;Nag R;Overduin B;Pignatelli M;Pritchard B;Pritchard E;Riat HS;Ruffier M;Sheppard D;Taylor K;Thormann A;Trevanion SJ;Vullo A;Wilder SP;Wilson M;Zadissa A;Aken BL;Birney E;Cunningham F;Harrow J;Herrero J;Hubbard TJ;Kinsella R;Muffato M;Parker A;Spudich G;Yates A;Zerbino DR;Searle SM
通讯作者：
Searle SM
影响因子：
7
作者：
Harrow J;Frankish A;Gonzalez JM;Tapanari E;Diekhans M;Kokocinski F;Aken BL;Barrell D;Zadissa A;Searle S;Barnes I;Bignell A;Boychenko V;Hunt T;Kay M;Mukherjee G;Rajan J;Despacio-Reyes G;Saunders G;Steward C;Harte R;Lin M;Howald C;Tanzer A;Derrien T;Chrast J;Walters N;Balasubramanian S;Pei B;Tress M;Rodriguez JM;Ezkurdia I;van Baren J;Brent M;Haussler D;Kellis M;Valencia A;Reymond A;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJ
通讯作者：
Hubbard TJ