Extraction of Microbial Cells from Environmental Samples for FISH Approaches.
Extraction of Microbial Cells from Environmental Samples for FISH Approaches.
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从环境样品中提取微生物细胞用于 FISH 方法。
DOI：
10.1007/978-1-0716-1115-9_19
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Pratscher J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pratscher J
环境样品的荧光原位杂交（FISH）已成为鉴定和计数微生物种群的标准技术。然而，在具有复杂基质的环境样品中对细胞进行可视化和定量通常具有挑战性，甚至是不可能的，并且下游方案也可能需要不存在有机和无机颗粒进行分析。因此，在FISH中使用之前，经常必须从样品基质中分离和提取微生物细胞。在这里，详细介绍了一个常规的协议，以提取完整的微生物细胞从环境样品中使用密度梯度离心。该方案适用于广泛的环境样品。
Fluorescent in situ hybridization (FISH) on environmental samples has become a standard technique to identify and enumerate microbial populations. However, visualization and quantification of cells in environmental samples with complex matrices is often challenging to impossible, and downstream protocols might also require the absence of organic and inorganic particles for analysis. Therefore, quite often microbial cells have to be detached and extracted from the sample matrix prior to use in FISH. Here, details are given for a routine protocol to extract intact microbial cells from environmental samples using density gradient centrifugation. This protocol is suitable and adaptable for a wide range of environmental samples.
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