Conservative route to genome compaction in a miniature annelid.
Conservative route to genome compaction in a miniature annelid.
复制标题
DOI：
10.1038/s41559-020-01327-6
复制
发表时间：
2021-03
影响因子：
16.8
通讯作者：
Hejnol A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Martín-Durán JM;Vellutini BC;Marlétaz F;Cetrangolo V;Cvetesic N;Thiel D;Henriet S;Grau-Bové X;Carrillo-Baltodano AM;Gu W;Kerbl A;Marquez Y;Bekkouche N;Chourrout D;Gómez-Skarmeta JL;Irimia M;Lenhard B;Worsaae K;Hejnol A
动物基因组减少的原因和后果尚不清楚，因为我们对这一过程的理解主要依赖于进化速度通常非常高的谱系。在这里，我们解码紧凑的73.8兆碱基的基因组Dimorphilus gyrociliatus，一个meiobenthic分节蠕虫。地方gyrociliatus基因组保留了与较大和较慢进化的基因组典型相关的性状，例如有序的完整Hox簇，通常保守的发育工具包和祖先双侧连锁的痕迹。与其他一些基因组较小的动物不同，对D. gyrociliatus表观基因组揭示了基因组调控的典型特征，不包括操纵子和反式剪接的存在。相反，基因密集的D. Gyrociliatus基因组呈现分歧Myc途径，其是动物中生长、增殖和基因组稳定性的关键生理调节剂。总之，我们的研究结果揭示了一个保守的路线，基因组压缩环节动物，让人想起在脊椎动物红足东方鲀观察到的。这项研究报告的基因组的微型分节环节动物Dimorphilus gyrociliatus，并揭示了没有剧烈的变化，基因组结构和调控，不像其他情况下的基因组小型化。
The causes and consequences of genome reduction in animals are unclear because our understanding of this process mostly relies on lineages with often exceptionally high rates of evolution. Here, we decode the compact 73.8-megabase genome of Dimorphilus gyrociliatus, a meiobenthic segmented worm. The D. gyrociliatus genome retains traits classically associated with larger and slower-evolving genomes, such as an ordered, intact Hox cluster, a generally conserved developmental toolkit and traces of ancestral bilaterian linkage. Unlike some other animals with small genomes, the analysis of the D. gyrociliatus epigenome revealed canonical features of genome regulation, excluding the presence of operons and trans-splicing. Instead, the gene-dense D. gyrociliatus genome presents a divergent Myc pathway, a key physiological regulator of growth, proliferation and genome stability in animals. Altogether, our results uncover a conservative route to genome compaction in annelids, reminiscent of that observed in the vertebrate Takifugu rubripes. This study reports the genome of the miniature segmented annelid Dimorphilus gyrociliatus and reveals no drastic changes in genome architecture and regulation, unlike other cases of genome miniaturization.
登录
查看更多内容
影响因子：
10.7
作者：
Danks, Gemma B.;Raasholm, Martina;Thompson, Eric M.
通讯作者：
Thompson, Eric M.
影响因子：
10.7
作者：
Castresana, J
通讯作者：
Castresana, J
影响因子：
10.7
作者：
Andrade, Sonia C. S.;Novo, Marta;Rouse, Greg W.
通讯作者：
Rouse, Greg W.
影响因子：
64.8
作者：
Dominguez-Sola, David;Ying, Carol Y.;Dalla-Favera, Riccardo
通讯作者：
Dalla-Favera, Riccardo
影响因子：
7
作者：
Braunschweig U;Barbosa-Morais NL;Pan Q;Nachman EN;Alipanahi B;Gonatopoulos-Pournatzis T;Frey B;Irimia M;Blencowe BJ
通讯作者：
Blencowe BJ