Proteome Landscapes of Human Hepatocellular Carcinoma and Intrahepatic Cholangiocarcinoma.
Proteome Landscapes of Human Hepatocellular Carcinoma and Intrahepatic Cholangiocarcinoma.
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DOI：
10.1016/j.mcpro.2023.100604
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发表时间：
2023-08
影响因子：
7
通讯作者：
Zhu, Yi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yi, Xiao;Zhu, Jiang;Liu, Wei;Peng, Li;Lu, Cong;Sun, Ping;Huang, Lingling;Nie, Xiu;Huang, Shi'ang;Guo, Tiannan;Zhu, Yi
肝癌是全球癌症死亡的首要原因之一。特别是，从肿瘤生物学角度对肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（CCA）进行了广泛的研究。然而，对于HCC和CCA的分子特征仍缺乏全面、系统的了解。在这里，我们使用数据独立采集 (DIA) 质谱 (MS) 方法描述了 HCC 和 CCA 的蛋白质组图谱。通过比较 HCC 和 CCA 的定量蛋白质组，我们发现这两种癌症类型之间存在一些差异。特别是，我们发现 HCC 中脂质代谢异常，CCA 中细胞外基质相关通路激活。接下来，我们开发了一种三蛋白分类器来区分 CCA 和 HCC，在由 51 名患者组成的独立验证队列中实现了 0.92 的曲线下面积 (AUC) 和 90% 的准确度。本研究中呈现的 HCC 和 CCA 的独特分子特征为这两种重要的原发性肝癌的肿瘤生物学提供了新的见解。我们的发现可能有助于开发更有效的诊断方法和新的靶向药物治疗。 HCC 和 CCA 的综合蛋白质组图谱。 HCC 中脂质代谢失调。 CCA 中细胞外基质 (ECM) 相关途径的激活。区分 HCC 和 CCA 的三蛋白分类器。我们使用 DIA-MS 方法来表征肝细胞癌 (HCC) 和肝内胆管癌 (CCA) 的蛋白质组。我们发现 HCC 中脂质代谢异常，CCA 中 ECM 相关通路激活。然后，我们开发了一种三蛋白分类器来区分 CCA 和 HCC，在验证队列中实现了 0.92 的 AUC 和 90% 的准确度。 HCC 和 CCA 的独特分子特征为肝癌的肿瘤生物学提供了新的见解。
Liver cancer is among the top leading causes of cancer mortality worldwide. Particularly, hepatocellular carcinoma (HCC) and intrahepatic cholangiocarcinoma (CCA) have been extensively investigated from the aspect of tumor biology. However, a comprehensive and systematic understanding of the molecular characteristics of HCC and CCA remains absent. Here, we characterized the proteome landscapes of HCC and CCA using the data-independent acquisition (DIA) mass spectrometry (MS) method. By comparing the quantitative proteomes of HCC and CCA, we found several differences between the two cancer types. In particular, we found an abnormal lipid metabolism in HCC and activated extracellular matrix-related pathways in CCA. We next developed a three-protein classifier to distinguish CCA from HCC, achieving an area under the curve (AUC) of 0.92, and an accuracy of 90% in an independent validation cohort of 51 patients. The distinct molecular characteristics of HCC and CCA presented in this study provide new insights into the tumor biology of these two major important primary liver cancers. Our findings may help develop more efficient diagnostic approaches and new targeted drug treatments. Comprehensive proteome landscapes of HCC and CCA. The dysregulation of lipid metabolism in HCC. The activation of extracellular matrix (ECM)-related pathways in CCA. A three-protein classifier distinguishing HCC from CCA. We used the DIA-MS methodology to characterize the proteomes of hepatocellular carcinoma (HCC) and intrahepatic cholangiocarcinoma (CCA). We found an abnormal lipid metabolism in HCC and the activation of ECM-related pathways in CCA. We then developed a three-protein classifier to distinguish CCA and HCC, which achieved an AUC of 0.92 and an accuracy of 90% in the validation cohort. The distinct molecular characteristics of HCC and CCA provided new insights into the tumor biology of liver cancers.
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