Genome-wide detection of enhancer-hijacking events from chromatin interaction data in rearranged genomes.
Genome-wide detection of enhancer-hijacking events from chromatin interaction data in rearranged genomes.
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DOI：
10.1038/s41592-021-01164-w
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发表时间：
2021-06
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Yue F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang X;Xu J;Zhang B;Hou Y;Song F;Lyu H;Yue F
最近的努力表明，结构变异（SV）可以破坏3D基因组组织和诱导增强子劫持，但没有计算工具存在，以确定这样的事件从染色质相互作用数据。在这里，我们开发了NeoLooptoms，一个计算框架来识别由SV诱导的染色质相互作用，包括染色体间易位，大缺失和倒位。我们的框架可以自动解析复杂的SV，重建断点周围的局部Hi-C图谱，归一化拷贝数变异和等位基因效应，并预测SV诱导的染色质环。我们在来自50个癌细胞系和原发性肿瘤的Hi-C数据中应用NeoLoopplasty，并鉴定了数十个与增强子劫持相关的复发基因。为了在实验上验证NeoLoopplasty，我们通过CRISPR/Cas9删除了前列腺腺癌细胞中被劫持的增强子，这显著降低了靶癌基因的表达。总之，NeoLoopplasty能够识别可能揭示治疗靶点的关键致癌调控元件。
Recent efforts have shown that structural variations (SVs) can disrupt the 3D genome organization and induce enhancer-hijacking, yet no computational tools exist to identify such events from chromatin interaction data. Here, we develop NeoLoopFinder, a computational framework to identify the chromatin interactions induced by SVs, including inter-chromosomal translocations, large deletions, and inversions. Our framework can automatically resolve complex SVs, reconstruct local Hi-C maps surrounding the breakpoints, normalize copy number variation and allele effects, and predict chromatin loops induced by SVs. We applied NeoLoopFinder in Hi-C data from 50 cancer cell lines and primary tumors and identified tens of recurrent genes associated with enhancer-hijacking. To experimentally validate NeoLoopFinder, we deleted the hijacked enhancers in prostate adenocarcinoma cells by CRISPR/Cas9, which significantly reduced the target oncogene expression. In summary, NeoLoopFinder enables to identify critical oncogenic regulatory elements that can potentially reveal therapeutic targets.
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影响因子：
14.9
作者：
Kuleshov MV;Jones MR;Rouillard AD;Fernandez NF;Duan Q;Wang Z;Koplev S;Jenkins SL;Jagodnik KM;Lachmann A;McDermott MG;Monteiro CD;Gundersen GW;Ma'ayan A
通讯作者：
Ma'ayan A
影响因子：
50.3
作者：
Quereda, Victor;Bayle, Simon;Duckett, Derek R.
通讯作者：
Duckett, Derek R.
DOI：
10.1038/nrc1299
发表时间：
2004-03
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
28.2
作者：
Ryan RJ;Drier Y;Whitton H;Cotton MJ;Kaur J;Issner R;Gillespie S;Epstein CB;Nardi V;Sohani AR;Hochberg EP;Bernstein BE
通讯作者：
Bernstein BE
影响因子：
30.8
作者：
Kragesteen, Bjort K.;Spielmann, Malte;Paliou, Christina;Heinrich, Verena;Schoepflin, Robert;Esposito, Andrea;Annunziatella, Carlo;Bianco, Simona;Chiariello, Andrea M.;Jerkovic, Ivana;Harabula, Izabela;Guckelberger, Philine;Pechstein, Michael;Wittler, Lars;Chan, Wing-Lee;Franke, Martin;Lupianez, Dario G.;Kraft, Katerina;Timmermann, Bernd;Vingron, Martin;Visel, Axel;Nicodemi, Mario;Mundlos, Stefan;Andrey, Guillaume
通讯作者：
Andrey, Guillaume