SIGNATURE: a workbench for gene expression signature analysis.
SIGNATURE: a workbench for gene expression signature analysis.
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DOI：
10.1186/1471-2105-12-443
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发表时间：
2011-11-14
影响因子：
3
通讯作者：
Nevins JR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chang JT;Gatza ML;Lucas JE;Barry WT;Vaughn P;Nevins JR
细胞的生物学表型，如特征的视觉图像或行为，反映了源自基因集合表达的活动。因此，测量这些基因表达的能力为开发更精确和多样化的表型提供了机会。然而，要使用这种方法需要难以实现和应用的计算方法，因此迫切需要能够减少分析技术负担的智能软件工具。基因表达分析工具很难以用户友好的方式实现，因为它们的应用需要结合生物数据管理、统计计算方法和数据库专业知识。我们开发了SIGNATURE，这是一个基于网络的资源，通过提供软件、数据和协议来简化基因表达特征分析，从而成功地执行分析。该资源使用贝叶斯方法来处理基因表达数据，并结合基因表达签名的策划数据库，所有这些都在geneppattern web界面中进行，以便于使用和访问。SIGNATURE在http://genepattern.genome.duke.edu/signature/上可供公众使用。
The biological phenotype of a cell, such as a characteristic visual image or behavior, reflects activities derived from the expression of collections of genes. As such, an ability to measure the expression of these genes provides an opportunity to develop more precise and varied sets of phenotypes. However, to use this approach requires computational methods that are difficult to implement and apply, and thus there is a critical need for intelligent software tools that can reduce the technical burden of the analysis. Tools for gene expression analyses are unusually difficult to implement in a user-friendly way because their application requires a combination of biological data curation, statistical computational methods, and database expertise. We have developed SIGNATURE, a web-based resource that simplifies gene expression signature analysis by providing software, data, and protocols to perform the analysis successfully. This resource uses Bayesian methods for processing gene expression data coupled with a curated database of gene expression signatures, all carried out within a GenePattern web interface for easy use and access. SIGNATURE is available for public use at http://genepattern.genome.duke.edu/signature/.
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影响因子：
50.3
作者：
Singh A;Greninger P;Rhodes D;Koopman L;Violette S;Bardeesy N;Settleman J
通讯作者：
Settleman J
DOI：
10.1073/pnas.0912708107
发表时间：
2010-04-13
影响因子：
11.1
作者：
Gatza, Michael L.;Lucas, Joseph E.;Nevins, Joseph R.
通讯作者：
Nevins, Joseph R.
影响因子：
11.2
作者：
Furge, Kyle A.;Chen, Jindong;Teh, Bin Tean
通讯作者：
Teh, Bin Tean
影响因子：
4.5
作者：
Ooi CH;Ivanova T;Wu J;Lee M;Tan IB;Tao J;Ward L;Koo JH;Gopalakrishnan V;Zhu Y;Cheng LL;Lee J;Rha SY;Chung HC;Ganesan K;So J;Soo KC;Lim D;Chan WH;Wong WK;Bowtell D;Yeoh KG;Grabsch H;Boussioutas A;Tan P
通讯作者：
Tan P
阐明致癌途径信号网络模块的基因组策略。
影响因子：
16
作者：
Chang, Jeffrey T.;Carvalho, Carlos;Mori, Seiichi;Bild, Andrea H.;Gatza, Michael L.;Wang, Quanli;Lucas, Joseph E.;Potti, Anil;Febbo, Phillip G.;West, Mike;Nevins, Joseph R.
通讯作者：
Nevins, Joseph R.