Shear stress switches the association of endothelial enhancers from ETV/ETS to KLF transcription factor binding sites.
Shear stress switches the association of endothelial enhancers from ETV/ETS to KLF transcription factor binding sites.
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DOI：
10.1038/s41598-022-08645-8
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发表时间：
2022-03-21
影响因子：
4.6
通讯作者：
Siekmann AF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tsaryk R;Yucel N;Leonard EV;Diaz N;Bondareva O;Odenthal-Schnittler M;Arany Z;Vaquerizas JM;Schnittler H;Siekmann AF
内衬血管的内皮细胞（EC）暴露于机械力，例如剪切应力。这些力量控制EC生物学的许多方面，包括血管张力、细胞迁移和增殖。尽管对剪切应力反应的基因有很好的了解，但我们对这些基因的转录调控的了解要有限得多。在这里，我们着手研究在染色质景观的人脐静脉内皮细胞（HUVEC）暴露于层流剪切应力的变化。为此，我们进行了H3 K27乙酰化的ChIP-Seq，指示活性增强子元件和ATAC-Seq，以标记暴露于6小时层流剪切应力的HUVEC上的开放染色质区域以及RNA-Seq。我们的研究结果表明，获得和失去的增强子与上调和下调的基因，分别相关。DNA基序分析显示，获得的增强子中KLF转录因子（TF）结合位点过多，而丢失的增强子中含有更多的ETV/ETS基序。我们使用基于内切酶的报告构建体和CRISPR-Cas9介导的基因组编辑验证了流动响应增强子的子集。最后，我们使用RNA-Seq表征了斑马鱼胚胎EC中的剪切应力响应。研究结果为进一步探索切应力响应元件在EC生物控制中的应用奠定了基础。
Endothelial cells (ECs) lining blood vessels are exposed to mechanical forces, such as shear stress. These forces control many aspects of EC biology, including vascular tone, cell migration and proliferation. Despite a good understanding of the genes responding to shear stress, our insight into the transcriptional regulation of these genes is much more limited. Here, we set out to study alterations in the chromatin landscape of human umbilical vein endothelial cells (HUVEC) exposed to laminar shear stress. To do so, we performed ChIP-Seq for H3K27 acetylation, indicative of active enhancer elements and ATAC-Seq to mark regions of open chromatin in addition to RNA-Seq on HUVEC exposed to 6 h of laminar shear stress. Our results show a correlation of gained and lost enhancers with up and downregulated genes, respectively. DNA motif analysis revealed an over-representation of KLF transcription factor (TF) binding sites in gained enhancers, while lost enhancers contained more ETV/ETS motifs. We validated a subset of flow responsive enhancers using luciferase-based reporter constructs and CRISPR-Cas9 mediated genome editing. Lastly, we characterized the shear stress response in ECs of zebrafish embryos using RNA-Seq. Our results lay the groundwork for the exploration of shear stress responsive elements in controlling EC biology.
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影响因子：
9.8
作者：
Chen Q;Jiang L;Li C;Hu D;Bu JW;Cai D;Du JL
通讯作者：
Du JL
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
9.8
作者：
Franco CA;Jones ML;Bernabeu MO;Geudens I;Mathivet T;Rosa A;Lopes FM;Lima AP;Ragab A;Collins RT;Phng LK;Coveney PV;Gerhardt H
通讯作者：
Gerhardt H
影响因子：
64.5
作者：
Dowen JM;Fan ZP;Hnisz D;Ren G;Abraham BJ;Zhang LN;Weintraub AS;Schujiers J;Lee TI;Zhao K;Young RA
通讯作者：
Young RA
影响因子：
20.3
作者：
Dekker, RJ;van Soest, S;Horrevoets, AJG
通讯作者：
Horrevoets, AJG