Qualitative and quantitative analysis of systems and synthetic biology constructs using P systems.
Qualitative and quantitative analysis of systems and synthetic biology constructs using P systems.
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使用 P 系统对系统和合成生物学结构进行定性和定量分析。
DOI：
10.1021/sb500134w
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发表时间：
2015
影响因子：
4.7
通讯作者：
Konur S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Konur S
计算模型被认为是数学模型的有吸引力的替代方案（例如，常微分方程）。这些模型包含了一组用于指定、建模、测试和模拟生物系统的方法。此外，它们可以使用算法技术进行分析（例如，形式验证）。本文通过定性和定量分析展示了形式验证在系统和合成生物学中的应用。在这里，我们选择了两个著名的案例研究：群体感应inP。脉冲发生器本文报告了两个系统进行验证分析，使用一些模型检查工具，集成到InfobioticsTM平台，其中系统模型是基于随机P系统。
Computational models are perceived as an attractive alternative to mathematical models (e.g., ordinary differential equations). These models incorporate a set of methods for specifying, modeling, testing, and simulating biological systems. In addition, they can be analyzed usingalgorithmictechniques (e.g.,formal verification). This paper shows how formal verification is utilized in systems and synthetic biology throughqualitativevsquantitativeanalysis. Here, we choose two well-known case studies: quorum sensing inP. aeruginosasand pulse generator. The paper reports verification analysis of two systems carried out using some model checking tools, integrated to the Infobiotics Workbench platform, where system models are based on stochastic P systems.
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DOI：
10.1016/j.robot.2011.10.005
发表时间：
2012-02
期刊：
Robotics Auton. Syst.
影响因子：
--
作者：
Savas Konur;C. Dixon;Michael Fisher
通讯作者：
Savas Konur;C. Dixon;Michael Fisher
同步糖尿病-癌症逻辑网络的模型检查
DOI：
--
发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
--
作者：
Haijun Gong;P. Zuliani;E. Clarke
通讯作者：
E. Clarke
DOI：
--
发表时间：
2008
期刊：
International School on Formal Methods for the Design of Computer, Communication and Software Systems
影响因子：
--
作者：
R. Barbuti;G. Caravagna;A. Maggiolo;P. Milazzo;Giovanni Pardini
通讯作者：
Giovanni Pardini
影响因子：
1.1
作者：
Konur, Savas;Fisher, Michael;Schewe, Sven
通讯作者：
Schewe, Sven
DOI：
10.1109/hpcc.2014.68
发表时间：
2014
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
Sanassy D
通讯作者：
Sanassy D