Short loop functional commonality identified in leukaemia proteome highlights crucial protein sub-networks.
Short loop functional commonality identified in leukaemia proteome highlights crucial protein sub-networks.
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在白血病蛋白质组中鉴定的短环功能共性突出了关键的蛋白质子网络。
DOI：
10.1093/nargab/lqab010
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发表时间：
2021-03
影响因子：
4.6
通讯作者：
Fraternali F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chung SS;Ng JCF;Laddach A;Thomas NSB;Fraternali F
癌症中突变蛋白的直接药物靶向并不总是可能的，并且可以通过补偿蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）来使功效无效。在这里，我们建立了一个计算机管道来识别包含突变蛋白质的特定PPI子网络作为潜在目标，我们将其应用于四种不同白血病的突变数据。我们的方法是基于提取的蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPIN），我们称之为短环网络基序（SLM）的拓扑结构和功能连接的少量蛋白质的循环相互作用。我们发现了一个新的属性的PPIN命名为“短循环共性”，以衡量间接PPIs发生通过共同的SLM相互作用。这检测了PPI网络的“模块”，其富含含有突变热点的蛋白质的注释生物学功能，例如FLT 3和其他受体酪氨酸激酶蛋白。我们进一步确定了大规模细胞CRISPR-Cas9敲除筛选数据中短环共性对的功能依赖性或互斥性。我们的管道提供了一种新的策略，用于确定药物发现的新治疗靶点。
Direct drug targeting of mutated proteins in cancer is not always possible and efficacy can be nullified by compensating protein–protein interactions (PPIs). Here, we establish an in silico pipeline to identify specific PPI sub-networks containing mutated proteins as potential targets, which we apply to mutation data of four different leukaemias. Our method is based on extracting cyclic interactions of a small number of proteins topologically and functionally linked in the Protein–Protein Interaction Network (PPIN), which we call short loop network motifs (SLM). We uncover a new property of PPINs named ‘short loop commonality’ to measure indirect PPIs occurring via common SLM interactions. This detects ‘modules’ of PPI networks enriched with annotated biological functions of proteins containing mutation hotspots, exemplified by FLT3 and other receptor tyrosine kinase proteins. We further identify functional dependency or mutual exclusivity of short loop commonality pairs in large-scale cellular CRISPR–Cas9 knockout screening data. Our pipeline provides a new strategy for identifying new therapeutic targets for drug discovery.
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使用JAK和PAN级I PI3K抑制剂对骨髓增生性肿瘤的联合治疗。
影响因子：
5.3
作者：
Choong ML;Pecquet C;Pendharkar V;Diaconu CC;Yong JW;Tai SJ;Wang SF;Defour JP;Sangthongpitag K;Villeval JL;Vainchenker W;Constantinescu SN;Lee MA
通讯作者：
Lee MA
影响因子：
64.8
作者：
Greaves, Mel;Maley, Carlo C.
通讯作者：
Maley, Carlo C.
影响因子：
64.5
作者：
Boyle EA;Li YI;Pritchard JK
通讯作者：
Pritchard JK
DOI：
10.1038/nrc1299
发表时间：
2004-03
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
9.9
作者：
Drew K;Lee C;Huizar RL;Tu F;Borgeson B;McWhite CD;Ma Y;Wallingford JB;Marcotte EM
通讯作者：
Marcotte EM