tCRISPRi: tunable and reversible, one-step control of gene expression.
tCRISPRi: tunable and reversible, one-step control of gene expression.
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DOI：
10.1038/srep39076
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发表时间：
2016-12-20
影响因子：
4.6
通讯作者：
Jun S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li XT;Jun Y;Erickstad MJ;Brown SD;Parks A;Court DL;Jun S
控制基因表达水平的能力是生物学中的一个主要探索。广泛使用的方法采用感兴趣的非必需基因的缺失（敲除），或多步重组工程以将感兴趣的基因移动到可抑制的启动子下（敲低）。然而，这些遗传学方法是费力的，并且限制了定量研究。在这里，我们报告了一个可调的CRISPR-cas系统，“tCRISPRi”，用于精确和连续滴定基因表达超过30倍。我们的tCRISPRi系统将各种先前的进展应用到单个菌株中：（1）我们构建了含有可调阿拉伯糖操纵子启动子PBAD的新菌株，以在无质粒系统中定量控制CRISPR-（d）Cas蛋白的表达超过两个数量级。(2)tCRISPRi是可逆的，基因表达在敲低条件下被抑制。(3)tCRISPRi显示显著小于10%的渗漏表达。(4)从实践的角度来看，最重要的是，靶向新基因的tCRISPRi的构建只需要一步寡核苷酸重组工程。我们的研究结果表明，tCRISPRi与重组工程相结合，为基因表达控制提供了一种简单且易于实施的工具，并且非常适合于构建单个菌株和高通量可调敲低文库。
The ability to control the level of gene expression is a major quest in biology. A widely used approach employs deletion of a nonessential gene of interest (knockout), or multi-step recombineering to move a gene of interest under a repressible promoter (knockdown). However, these genetic methods are laborious, and limited for quantitative study. Here, we report a tunable CRISPR-cas system, “tCRISPRi”, for precise and continuous titration of gene expression by more than 30-fold. Our tCRISPRi system employs various previous advancements into a single strain: (1) We constructed a new strain containing a tunable arabinose operon promoter PBAD to quantitatively control the expression of CRISPR-(d)Cas protein over two orders of magnitude in a plasmid-free system. (2) tCRISPRi is reversible, and gene expression is repressed under knockdown conditions. (3) tCRISPRi shows significantly less than 10% leaky expression. (4) Most important from a practical perspective, construction of tCRISPRi to target a new gene requires only one-step of oligo recombineering. Our results show that tCRISPRi, in combination with recombineering, provides a simple and easy-to-implement tool for gene expression control, and is ideally suited for construction of both individual strains and high-throughput tunable knockdown libraries.
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细胞大小和细菌中DNA复制的启动。
影响因子：
4.5
作者：
Hill NS;Kadoya R;Chattoraj DK;Levin PA
通讯作者：
Levin PA
DOI：
10.1126/science.aaf5573
发表时间：
2016-08-05
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Abudayyeh OO;Gootenberg JS;Konermann S;Joung J;Slaymaker IM;Cox DB;Shmakov S;Makarova KS;Semenova E;Minakhin L;Severinov K;Regev A;Lander ES;Koonin EV;Zhang F
通讯作者：
Zhang F
DOI：
10.1038/nrmicro.2016.26
发表时间：
2016-04
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
--
作者：
Haeusser DP;Margolin W
通讯作者：
Margolin W
影响因子：
2
作者：
Michel, Denis
通讯作者：
Michel, Denis
影响因子：
16.6
作者：
Jacobs, Jake Z.;Ciccaglione, Keith M.;Tournier, Vincent;Zaratiegui, Mikel
通讯作者：
Zaratiegui, Mikel