OrthoMCL-DB: querying a comprehensive multi-species collection of ortholog groups.
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DOI：
10.1093/nar/gkj123
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发表时间：
2006-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Roos DS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen F;Mackey AJ;Stoeckert CJ Jr;Roos DS
OrthoMCL数据库（）包含了对55个物种的直系同源组预测，其中包括16个细菌基因组和4个古菌基因组，它们代表了系统发育上多样的谱系，以及大多数当前可用的完整真核生物基因组：24个单鞭毛生物（12种动物、9种真菌、微孢子虫、盘基网柄菌、内阿米巴）、4种植物/藻类和7种顶复门寄生虫。OrthoMCL软件基于序列相似性对蛋白质进行聚类，对每个物种的蛋白质组进行全对全的BLAST搜索，然后对物种间差异进行归一化，并进行马尔可夫聚类。共有511797种蛋白质（占总数据集的81.6%）被聚类到70388个直系同源组中。可以根据蛋白质或组的登录号、关键词描述或BLAST相似性对直系同源数据库进行查询。也可以使用图形界面或基于文本的系统发育模式表达式语法来识别呈现特定系统发育模式的直系同源组。直系同源组的信息包括系统发育概况、成员蛋白质列表和多序列比对、相似性的统计摘要和图形视图，以及结构域架构的图形表示。OrthoMCL软件、所使用的整个FASTA数据集以及聚类结果均可下载。OrthoMCL - DB为多个物种间的直系同源预测提供了一个集中的仓库，并且随着更多基因组序列数据的可用，它将得到更新和扩展。
The OrthoMCL database () houses ortholog group predictions for 55 species, including 16 bacterial and 4 archaeal genomes representing phylogenetically diverse lineages, and most currently available complete eukaryotic genomes: 24 unikonts (12 animals, 9 fungi, microsporidium, Dictyostelium, Entamoeba), 4 plants/algae and 7 apicomplexan parasites. OrthoMCL software was used to cluster proteins based on sequence similarity, using an all-against-all BLAST search of each species' proteome, followed by normalization of inter-species differences, and Markov clustering. A total of 511 797 proteins (81.6% of the total dataset) were clustered into 70 388 ortholog groups. The ortholog database may be queried based on protein or group accession numbers, keyword descriptions or BLAST similarity. Ortholog groups exhibiting specific phyletic patterns may also be identified, using either a graphical interface or a text-based Phyletic Pattern Expression grammar. Information for ortholog groups includes the phyletic profile, the list of member proteins and a multiple sequence alignment, a statistical summary and graphical view of similarities, and a graphical representation of domain architecture. OrthoMCL software, the entire FASTA dataset employed and clustering results are available for download. OrthoMCL-DB provides a centralized warehouse for orthology prediction among multiple species, and will be updated and expanded as additional genome sequence data become available.
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影响因子：
30.8
作者：
Snel, B;Bork, P;Huynen, MA
通讯作者：
Huynen, MA
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56.9
作者：
Tatusov, RL;Koonin, EV;Lipman, DJ
通讯作者：
Lipman, DJ
影响因子：
14.9
作者：
Birney, E;Andrews, D;Hubbard, T
通讯作者：
Hubbard, T
DOI：
10.2165/00822942-200504010-00009
发表时间：
2005-01-01
期刊：
Applied bioinformatics
影响因子：
--
作者：
Goldovsky, Leon;Cases, Ildefonso;Ouzounis, Christos A
通讯作者：
Ouzounis, Christos A
影响因子：
56.9
作者：
Pace, NR
通讯作者：
Pace, NR