Weighted gene co-expression network analysis of the peripheral blood from Amyotrophic Lateral Sclerosis patients.
Weighted gene co-expression network analysis of the peripheral blood from Amyotrophic Lateral Sclerosis patients.
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DOI：
10.1186/1471-2164-10-405
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发表时间：
2009-08-27
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Ophoff RA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Saris CG;Horvath S;van Vught PW;van Es MA;Blauw HM;Fuller TF;Langfelder P;DeYoung J;Wokke JH;Veldink JH;van den Berg LH;Ophoff RA
肌萎缩侧索硬化症（ALS）是一种以脑和脊髓运动神经元进行性变性为特征的致死性疾病。诊断主要基于临床症状，目前没有治疗方法可以阻止疾病或减缓其进展。由于在疾病发作时无法进入脊髓组织，我们研究了ALS患者全血中基因表达谱的变化。我们的转录研究显示ALS患者的血液发生了显著变化;在由30名ALS患者和30名健康对照组成的发现数据集中，2，300个探针（9.4%）显示出显著的差异表达。加权基因共表达网络分析（WGCNA）用于发现疾病相关网络（模块）和疾病相关枢纽基因。发现两个大的共表达模块与ALS相关。我们的研究结果在第二个数据集（30名患者和30名对照）和第三个数据集（63名患者和63名对照）中得到了复制，从而证明了两个大的共表达模块与ALS疾病状态的高度显著和一致的关联。ALS相关模块基因的损伤途径分析暗示与遗传疾病、神经系统的神经变性和炎性疾病相关的功能类别的富集。ALS相关模块包含许多可能参与ALS发病机制的候选基因。这项首次在ALS中进行的大规模血液基因表达研究观察到病例和对照之间的不同模式，这可能为生物标志物的开发提供机会，并为该疾病的分子机制提供新的见解。
Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) is a lethal disorder characterized by progressive degeneration of motor neurons in the brain and spinal cord. Diagnosis is mainly based on clinical symptoms, and there is currently no therapy to stop the disease or slow its progression. Since access to spinal cord tissue is not possible at disease onset, we investigated changes in gene expression profiles in whole blood of ALS patients. Our transcriptional study showed dramatic changes in blood of ALS patients; 2,300 probes (9.4%) showed significant differential expression in a discovery dataset consisting of 30 ALS patients and 30 healthy controls. Weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) was used to find disease-related networks (modules) and disease related hub genes. Two large co-expression modules were found to be associated with ALS. Our findings were replicated in a second (30 patients and 30 controls) and third dataset (63 patients and 63 controls), thereby demonstrating a highly significant and consistent association of two large co-expression modules with ALS disease status. Ingenuity Pathway Analysis of the ALS related module genes implicates enrichment of functional categories related to genetic disorders, neurodegeneration of the nervous system and inflammatory disease. The ALS related modules contain a number of candidate genes possibly involved in pathogenesis of ALS. This first large-scale blood gene expression study in ALS observed distinct patterns between cases and controls which may provide opportunities for biomarker development as well as new insights into the molecular mechanisms of the disease.
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WGCNA：用于加权相关网络分析的 R 包。
影响因子：
3
作者：
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通讯作者：
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影响因子：
--
作者：
Hu, Shen;Zhou, Michael;Jiang, Jiang;Wang, Jianghua;Elashoff, David;Gorr, Sven;Michie, Sara A.;Spijkervet, Fred K. L.;Bootsma, Hendrika;Kallenberg, Cees G. M.;Vissink, Arjan;Horvath, Steve;Wong, David T.
通讯作者：
Wong, David T.
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作者：
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基因共表达网络分析的几何解释。
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作者：
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作者：
Anderson, Alexander N.;Roncaroli, Federico;Turkheimer, Federico E.
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