The HUPO proteomics standards initiative- mass spectrometry controlled vocabulary.
The HUPO proteomics standards initiative- mass spectrometry controlled vocabulary.
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DOI：
10.1093/database/bat009
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
HUPO-PSI Group
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mayer G;Montecchi-Palazzi L;Ovelleiro D;Jones AR;Binz PA;Deutsch EW;Chambers M;Kallhardt M;Levander F;Shofstahl J;Orchard S;Vizcaíno JA;Hermjakob H;Stephan C;Meyer HE;Eisenacher M;HUPO-PSI Group
受控词汇表（CV），即描述建模域的预定义术语的集合，用于数据的语义注释，以及本体，用于结构化数据格式和数据库中以避免注释中的不一致，以具有唯一的（并且优选地短的）登录号，并且为研究人员和计算机算法提供更有表现力的数据语义注释的可能性。人类蛋白质组组织（HUPO）-蛋白质组学标准倡议（PSI）在其数据格式中广泛使用本体/CV。PSI-质谱（MS）CV包含PSI MS相关数据标准中使用的所有术语。CV包含一个逻辑层次结构，以确保易于维护和开发使用复杂语义的软件。CV包含完整描述蛋白质组学中使用的MS分析管道所需的术语，包括样品标记、消化酶、仪器部件和参数、用于肽/蛋白质鉴定和定量的软件以及用于确定其显著性的参数和评分。由于简历所涵盖的主题范围广泛，有必要在几个PSI工作组之间进行合作开发，包括蛋白质组学研究组、仪器制造商和软件供应商。在这篇文章中，我们描述了CV的整体结构，它的开发和维护过程以及对其他本体的依赖关系。数据库URL：http://psidev.cvs.sourceforge.net/viewvc/psidev/psi/psi-ms/mzML/controlledVocabulary/psi-ms.obo
Controlled vocabularies (CVs), i.e. a collection of predefined terms describing a modeling domain, used for the semantic annotation of data, and ontologies are used in structured data formats and databases to avoid inconsistencies in annotation, to have a unique (and preferably short) accession number and to give researchers and computer algorithms the possibility for more expressive semantic annotation of data. The Human Proteome Organization (HUPO)–Proteomics Standards Initiative (PSI) makes extensive use of ontologies/CVs in their data formats. The PSI-Mass Spectrometry (MS) CV contains all the terms used in the PSI MS–related data standards. The CV contains a logical hierarchical structure to ensure ease of maintenance and the development of software that makes use of complex semantics. The CV contains terms required for a complete description of an MS analysis pipeline used in proteomics, including sample labeling, digestion enzymes, instrumentation parts and parameters, software used for identification and quantification of peptides/proteins and the parameters and scores used to determine their significance. Owing to the range of topics covered by the CV, collaborative development across several PSI working groups, including proteomics research groups, instrument manufacturers and software vendors, was necessary. In this article, we describe the overall structure of the CV, the process by which it has been developed and is maintained and the dependencies on other ontologies. Database URL: http://psidev.cvs.sourceforge.net/viewvc/psidev/psi/psi-ms/mzML/controlledVocabulary/psi-ms.obo
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影响因子：
2
作者：
Plumb, Robert S.;Johnson, Kelly A.;Nicholson, Jeremy K.
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Nicholson, Jeremy K.
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作者：
Geiger, Tamar;Wisniewski, Jacek R.;Mann, Matthias
通讯作者：
Mann, Matthias
DOI：
10.1007/978-1-60761-780-8_9
发表时间：
2010-01-01
期刊：
LC-MS/MS IN PROTEOMICS: METHODS AND APPLICATIONS
影响因子：
--
作者：
Kiyonami, Reiko;Domon, Bruno
通讯作者：
Domon, Bruno
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq415
发表时间：
2010-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
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作者：
Rocca-Serra P;Brandizi M;Maguire E;Sklyar N;Taylor C;Begley K;Field D;Harris S;Hide W;Hofmann O;Neumann S;Sterk P;Tong W;Sansone SA
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Sansone SA
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作者：
Noy NF;Shah NH;Whetzel PL;Dai B;Dorf M;Griffith N;Jonquet C;Rubin DL;Storey MA;Chute CG;Musen MA
通讯作者：
Musen MA