ChIA-PET tool for comprehensive chromatin interaction analysis with paired-end tag sequencing.
ChIA-PET tool for comprehensive chromatin interaction analysis with paired-end tag sequencing.
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DOI：
10.1186/gb-2010-11-2-r22
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发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Sung WK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li G;Fullwood MJ;Xu H;Mulawadi FH;Velkov S;Vega V;Ariyaratne PN;Mohamed YB;Ooi HS;Tennakoon C;Wei CL;Ruan Y;Sung WK
ChIA-PET工具可用于处理长距离染色质相互作用数据。结果在用户友好的基因组浏览器上可视化。染色质相互作用分析与配对末端标签测序（ChIA-PET）是一种研究蛋白质因子结合的全基因组染色质长程相互作用的新技术。在这里，我们提出了ChIA-PET工具，一个软件包的ChIA-PET序列数据的自动处理，包括链接过滤，映射标签的参考基因组，识别蛋白质结合位点和染色质相互作用，并显示结果的图形基因组浏览器。ChIA-PET工具是快速，准确，全面，用户友好，开源（可在http://chiapet.gis.a-star.edu.sg）。
ChIA-PET Tool can be used to process long-range chromatin interaction data. Results are visualized on a user-friendly genome browser. Chromatin interaction analysis with paired-end tag sequencing (ChIA-PET) is a new technology to study genome-wide long-range chromatin interactions bound by protein factors. Here we present ChIA-PET Tool, a software package for automatic processing of ChIA-PET sequence data, including linker filtering, mapping tags to reference genomes, identifying protein binding sites and chromatin interactions, and displaying the results on a graphical genome browser. ChIA-PET Tool is fast, accurate, comprehensive, user-friendly, and open source (available at http://chiapet.gis.a-star.edu.sg).
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影响因子：
4
作者：
Fullwood, Melissa J.;Ruan, Yijun
通讯作者：
Ruan, Yijun
DOI：
10.1198/016214501750332758
发表时间：
2001-03-01
影响因子：
3.7
作者：
Ishwaran, H;James, LF
通讯作者：
James, LF
影响因子：
7
作者：
Stein, LD;Mungall, C;Lewis, S
通讯作者：
Lewis, S
影响因子：
30.8
作者：
Simonis, Marieke;Klous, Petra;de Laat, Wouter
通讯作者：
de Laat, Wouter
影响因子：
56.9
作者：
Dekker, J;Rippe, K;Kleckner, N
通讯作者：
Kleckner, N