GlycoDeNovo2: An Improved MS/MS-Based De Novo Glycan Topology Reconstruction Algorithm.
GlycoDeNovo2: An Improved MS/MS-Based De Novo Glycan Topology Reconstruction Algorithm.
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DOI：
10.1021/jasms.1c00288
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发表时间：
2022-03-02
影响因子：
3.2
通讯作者：
Hong, Pengyu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen, Zizhang;Wei, Juan;Tang, Yang;Lin, Cheng;Costello, Catherine E.;Hong, Pengyu
聚糖结构鉴定对于理解聚糖在各种生物过程中的作用至关重要。之前，我们开发了GlycoDeNovo，一种从头算法，用于从串联质谱（MS/MS）重建聚糖拓扑结构。在这项工作中，我们介绍了GlycoDeNovo 2，它包含两个主要的改进GlycoDeNovo。首先，我们使用可能对应于聚糖的峰测量的前体质量来确定其潜在的组成，其用于约束搜索空间，实现并行计算，从而加快拓扑重构。其次，我们开发了一个程序来计算重建拓扑候选的经验p值。提供实验结果以证明GlycoDeNovo 2的有效性。
Glycan structure identification is essential to understanding the roles of glycans in various biological processes. Previously, we developed GlycoDeNovo, a de novo algorithm for reconstructing glycan topologies from tandem mass spectra (MS/MS). In this work, we introduce GlycoDeNovo2 that contains two major improvements to GlycoDeNovo. First, we use the precursor mass measured for a peak that likely corresponds to a glycan to determine its potential compositions, which are used to constrain the search space, enable parallel computation, and hence speed up topology reconstruction. Second, we developed a procedure to calculate the empirical p-value of a reconstructed topology candidate. Experimental results are provided to demonstrate the effectiveness of GlycoDeNovo2.
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影响因子：
7.4
作者：
Yu CY;Mayampurath A;Zhu R;Zacharias L;Song E;Wang L;Mechref Y;Tang H
通讯作者：
Tang H
影响因子：
7.4
作者：
Gaucher, SP;Morrow, J;Leary, JA
通讯作者：
Leary, JA
DOI：
10.1109/tcbb.2015.2430317
发表时间：
2015-11-01
影响因子：
4.5
作者：
Kumozaki, Shotaro;Sato, Kengo;Sakakibara, Yasubumi
通讯作者：
Sakakibara, Yasubumi
影响因子：
7.4
作者：
Tseng, K;Hedrick, JL;Lebrilla, CB
通讯作者：
Lebrilla, CB
影响因子：
14.9
作者：
Lohmann, KK;von der Lieth, CW
通讯作者：
von der Lieth, CW