Web-based visual analysis for high-throughput genomics.
Web-based visual analysis for high-throughput genomics.
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DOI：
10.1186/1471-2164-14-397
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发表时间：
2013-06-13
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Taylor J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Goecks J;Eberhard C;Too T;Galaxy Team;Nekrutenko A;Taylor J
可视化在基因组学研究中起着至关重要的作用，可以观察大型数据集中的相关性和趋势，并向其他人传达发现。视觉分析将可视化与分析工具相结合，以实现两种方法进行科学研究的无缝使用，为进行复杂的基因组分析提供了强大的方法。但是，在为高通量基因组学创建丰富的，基于Web的可视化/视觉分析应用程序时，会出现许多挑战。这些挑战包括管理从Web服务器到Web浏览器的数据流，集成分析工具和可视化以及与同事共享可视化。
我们创建了一个平台，简化了用于高通量基因组学的基于Web的可视化/可视化分析应用程序的创建。该平台提供的组件使有效查询非常大的数据集，绘制基因组数据的通用表示，与分析工具集成并共享或发布完全交互式可视化变得简单。使用此平台，我们创建了一个Circos风格的全基因组观看器，用于相关分析的通用散点图，交互式系统发育树，用于下一代测序数据的可伸缩基因组浏览器以及系统地探索工具参数空间的应用程序找到良好的参数值。所有可视化都是互动的，并且可以完全自定义。该平台与Galaxy（http://galaxyproject.org）基因组学工作台集成在一起，从而易于将新的视觉应用集成到星系中。
可视化和视觉分析在高通量基因组学实验中起着重要作用，并且需要采取方法，以使为这些活动创建应用程序更容易。我们的框架为创建基于Web的可视化并将其集成到银河系中奠定了基础。最后，我们使用框架创建的可视化是用于高通量基因组学实验的有用工具。
Visualization plays an essential role in genomics research by making it possible to observe correlations and trends in large datasets as well as communicate findings to others. Visual analysis, which combines visualization with analysis tools to enable seamless use of both approaches for scientific investigation, offers a powerful method for performing complex genomic analyses. However, there are numerous challenges that arise when creating rich, interactive Web-based visualizations/visual analysis applications for high-throughput genomics. These challenges include managing data flow from Web server to Web browser, integrating analysis tools and visualizations, and sharing visualizations with colleagues. We have created a platform simplifies the creation of Web-based visualization/visual analysis applications for high-throughput genomics. This platform provides components that make it simple to efficiently query very large datasets, draw common representations of genomic data, integrate with analysis tools, and share or publish fully interactive visualizations. Using this platform, we have created a Circos-style genome-wide viewer, a generic scatter plot for correlation analysis, an interactive phylogenetic tree, a scalable genome browser for next-generation sequencing data, and an application for systematically exploring tool parameter spaces to find good parameter values. All visualizations are interactive and fully customizable. The platform is integrated with the Galaxy (http://galaxyproject.org) genomics workbench, making it easy to integrate new visual applications into Galaxy. Visualization and visual analysis play an important role in high-throughput genomics experiments, and approaches are needed to make it easier to create applications for these activities. Our framework provides a foundation for creating Web-based visualizations and integrating them into Galaxy. Finally, the visualizations we have created using the framework are useful tools for high-throughput genomics experiments.
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