ChimerDB 2.0--a knowledgebase for fusion genes updated.
ChimerDB 2.0--a knowledgebase for fusion genes updated.
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DOI：
10.1093/nar/gkp982
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发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lee S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim P;Yoon S;Kim N;Lee S;Ko M;Lee H;Kang H;Kim J;Lee S
染色体易位和基因融合是人类基因组中经常发生的事件，并已被发现导致多种类型的肿瘤。ChimerDB是一个融合基因知识库，通过对GenBank和各种其他公共资源（如Sanger癌症基因组计划（CGP）、OMIM、PubMed和Mitelman数据库）中转录序列的生物信息学分析鉴定出融合基因。在这个更新的版本中，我们显著修改了识别融合转录本的算法。具体而言，新算法具有更高的灵敏度，并以高置信度检测到2699个融合转录本。此外，它可以识别染色体间易位以及染色体内大DNA片段的缺失或倒位。重要的是，对短读档案中下一代测序数据的分析结果也被纳入其中。我们更新和整合了所有的内容（GenBank, Sanger CGP， OMIM， PubMed出版物和Mitelman的数据库），并且改进了用户界面以支持不同类型的搜索，并增强了用户的便利性，特别是在浏览PubMed文章时。我们还开发了一种新的比对查看器，它应该有助于检查融合转录本的可靠性和推断功能意义。我们期望ChimerDB 2.0（可在http://ercsb.ewha.ac.kr/fusiongene上获得）成为识别生物标志物和药物靶点的有价值的工具。
Chromosome translocations and gene fusions are frequent events in the human genome and have been found to cause diverse types of tumor. ChimerDB is a knowledgebase of fusion genes identified from bioinformatics analysis of transcript sequences in the GenBank and various other public resources such as the Sanger cancer genome project (CGP), OMIM, PubMed and the Mitelman’s database. In this updated version, we significantly modified the algorithm of identifying fusion transcripts. Specifically, the new algorithm is more sensitive and has detected 2699 fusion transcripts with high confidence. Furthermore, it can identify interchromosomal translocations as well as the intrachromosomal deletions or inversions of large DNA segments. Importantly, results from the analysis of next-generation sequencing data in the short read archives are incorporated as well. We updated and integrated all contents (GenBank, Sanger CGP, OMIM, PubMed publications and the Mitelman’s database), and the user-interface has been improved to support diverse types of searches and to enhance the user convenience especially in browsing PubMed articles. We also developed a new alignment viewer that should facilitate examining reliability of fusion transcripts and inferring functional significance. We expect ChimerDB 2.0, available at http://ercsb.ewha.ac.kr/fusiongene, to be a valuable tool in identifying biomarkers and drug targets.
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宇宙（癌症中的体细胞突变目录）数据库和网站。
影响因子：
8.8
作者：
Bamford, S;Dawson, E;Forbes, S;Clements, J;Pettett, R;Dogan, A;Flanagan, A;Teague, J;Futreal, PA;Stratton, MR;Wooster, R
通讯作者：
Wooster, R
DOI：
10.1038/nrc1299
发表时间：
2004-03
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3
作者：
Slater GS;Birney E
通讯作者：
Birney E
ChimerDB——融合序列知识库。
影响因子：
14.9
作者：
Kim N;Kim P;Nam S;Shin S;Lee S
通讯作者：
Lee S
影响因子：
30.8
作者：
Campbell, Peter J.;Stephens, Philip J.;Pleasance, Erin D.;O'Meara, Sarah;Li, Heng;Santarius, Thomas;Stebbings, Lucy A.;Leroy, Catherine;Edkins, Sarah;Hardy, Claire;Teague, Jon W.;Menzies, Andrew;Goodhead, Ian;Turner, Daniel J.;Clee, Christopher M.;Quail, Michael A.;Cox, Antony;Brown, Clive;Durbin, Richard;Hurles, Matthew E.;Edwards, Paul A. W.;Bignell, Graham R.;Stratton, Michael R.;Futreal, P. Andrew
通讯作者：
Futreal, P. Andrew